R语言的geo_gene_exp_download.r GEO怎么使用

这篇文章主要介绍"R语言的geo_gene_exp_download.r GEO怎么使用"的相关知识，小编通过实际案例向大家展示操作过程，操作方法简单快捷，实用性强，希望这篇"R语言的geo_gene_exp_download.r GEO怎么使用"文章能帮助大家解决问题。

geo_download.r GEO数据下载

使用方法:

$Rscript /share/work/huangls/piplines//tcga_geo/scripts/geo_gene_exp_download.r  -husage: /share/work/huangls/piplines//tcga_geo/scripts/geo_gene_exp_download.r       [-h] -g gse [-f func] [-p palette] [-G gpl] [-s Gene Symbol] [-x]       [--log2] [-o outdir] [-H height] [-W width]download GEO data ; https://www..com/article/1492optional arguments:  -h, --help            show this help message and exit  -g gse, --gse gse     GEO Series Accession [required]  -f func, --func func  dup gene name expression select func: mean max median                        [default max]  -p palette, --palette palette                        A palette name from RColorbrewer [default Accent]  -G gpl, --gpl gpl     GPL file for annotation [default None]  -s Gene Symbol, --symbol Gene Symbol                        Gene Symbol column name [default Gene Symbol]  -x, --no.xaxis        not show x axis sample name [default False]  --log2                whether do log2 normalize [optional, default: False]  -o outdir, --outdir outdir                        output file directory [default /share/nas1/huangls/pro                        ject/zx-20210914-383-gwas_cfdr/gene_exp]  -H height, --height height                        the height of pic inches [default 8]  -W width, --width width                        the width of pic inches [default 10]

使用举例：

Rscript /share/work/huangls/piplines//tcga_geo/scripts/geo_gene_exp_download.r  -g GSE7429Rscript /share/work/huangls/piplines//tcga_geo/scripts/geo_gene_exp_download.r -g GSE43488 -G GPL13667-15572.txt

关于"R语言的geo_gene_exp_download.r GEO怎么使用"的内容就介绍到这里了，感谢大家的阅读。如果想了解更多行业相关的知识，可以关注行业资讯频道，小编每天都会为大家更新不同的知识点。