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clusterProfiler的GO与KEGG功能有哪些

发表于：2024-11-18 作者：千家信息网编辑

千家信息网最后更新 2024年11月18日，这篇"clusterProfiler的GO与KEGG功能有哪些"文章的知识点大部分人都不太理解，所以小编给大家总结了以下内容，内容详细，步骤清晰，具有一定的借鉴价值，希望大家阅读完这篇文章能有所收获，

千家信息网最后更新 2024年11月18日clusterProfiler的GO与KEGG功能有哪些

这篇"clusterProfiler的GO与KEGG功能有哪些"文章的知识点大部分人都不太理解，所以小编给大家总结了以下内容，内容详细，步骤清晰，具有一定的借鉴价值，希望大家阅读完这篇文章能有所收获，下面我们一起来看看这篇"clusterProfiler的GO与KEGG功能有哪些"文章吧。

支持的20个模式物种列表如下：

Package	Maintainer	Title	Index
org.Hs.eg.db	Bioconductor Package Maintainer	Genome wide annotation for Human	3
org.Mm.eg.db	Bioconductor Package Maintainer	Genome wide annotation for Mouse	5
org.Rn.eg.db	Bioconductor Package Maintainer	Genome wide annotation for Rat	19
org.Sc.sgd.db	Bioconductor Package Maintainer	Genome wide annotation for Yeast	28
org.Dm.eg.db	Bioconductor Package Maintainer	Genome wide annotation for Fly	31
org.At.tair.db	Bioconductor Package Maintainer	Genome wide annotation for Arabidopsis	32
org.Dr.eg.db	Bioconductor Package Maintainer	Genome wide annotation for Zebrafish	37
org.Ce.eg.db	Bioconductor Package Maintainer	Genome wide annotation for Worm	44
org.Bt.eg.db	Bioconductor Package Maintainer	Genome wide annotation for Bovine	53
org.Gg.eg.db	Bioconductor Package Maintainer	Genome wide annotation for Chicken	56
org.Cf.eg.db	Bioconductor Package Maintainer	Genome wide annotation for Canine	61
org.Ss.eg.db	Bioconductor Package Maintainer	Genome wide annotation for Pig	64
org.Mmu.eg.db	Bioconductor Package Maintainer	Genome wide annotation for Rhesus	70
org.EcK12.eg.db	Bioconductor Package Maintainer	Genome wide annotation for E coli strain K12	76
org.Xl.eg.db	Bioconductor Package Maintainer	Genome wide annotation for Xenopus	111
org.Ag.eg.db	Bioconductor Package Maintainer	Genome wide annotation for Anopheles	114
org.Pt.eg.db	Bioconductor Package Maintainer	Genome wide annotation for Chimp	121
org.Pf.plasmo.db	Bioconductor Package Maintainer	Genome wide annotation for Malaria	132
org.EcSakai.eg.db	Bioconductor Package Maintainer	Genome wide annotation for E coli strain Sakai	137
org.Mxanthus.db	Eduardo Illueca Fernández	Genome wide annotation for Myxococcus xanthus DK 1622	944

简单总结clusterProfiler包进行GO、KEGG的富集分析方法，结果输出及内置的图形展示。

#安装富集分析需要的包if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))  install.packages("BiocManager")BiocManager::install("enrichplot")BiocManager::install("GSEABase")BiocManager::install("pathview")BiocManager::install("clusterProfiler")#20个模式物种注释文件：https://www..com/article/1244BiocManager::install("org.Hs.eg.db")#非模式物种需要的包BiocManager::install("AnnotationHub")BiocManager::install("biomaRt")#######加载必要的包#####################################################library(clusterProfiler)library(pathview)library(GSEABase)library(enrichplot)#模式物种library(AnnotationHub)library(biomaRt)############################################################

以上就是关于"clusterProfiler的GO与KEGG功能有哪些"这篇文章的内容，相信大家都有了一定的了解，希望小编分享的内容对大家有帮助，若想了解更多相关的知识内容，请关注行业资讯频道。

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