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pheatmap NA/NaN/Inf聚类错误怎么解决

发表于:2025-01-19 作者:千家信息网编辑
千家信息网最后更新 2025年01月19日,本篇内容主要讲解"pheatmap NA/NaN/Inf聚类错误怎么解决",感兴趣的朋友不妨来看看。本文介绍的方法操作简单快捷,实用性强。下面就让小编来带大家学习"pheatmap NA/NaN/In
千家信息网最后更新 2025年01月19日pheatmap NA/NaN/Inf聚类错误怎么解决

本篇内容主要讲解"pheatmap NA/NaN/Inf聚类错误怎么解决",感兴趣的朋友不妨来看看。本文介绍的方法操作简单快捷,实用性强。下面就让小编来带大家学习"pheatmap NA/NaN/Inf聚类错误怎么解决"吧!

pheatmap 绘图出现报错信息类似:

Error in hclust(d, method = method) : 外接函数调用时不能有NA/NaN/Inf(arg11)

出现此类错误多数情况是数据在绘图过程中进行处理后 出现NA/NaN/Inf导致无法进行聚类。

其一是原数据中本身存在NA等情况,其二是原数据存在数据完全无变化,但pheatmap()函数中却选择了scale参数进行处理。例如其中一个基因(row)数值完全无变化,scale处理将产生NaN 之后外调hclust将无法成功

> A=c(1,1,1,1,1,1,1)> scale(A)     [,1][1,]  NaN[2,]  NaN[3,]  NaN[4,]  NaN[5,]  NaN[6,]  NaN[7,]  NaNattr(,"scaled:center")[1] 1attr(,"scaled:scale")[1] 0> hclust(scale(A))Error in if (is.na(n) || n > 65536L) stop("size cannot be NA nor exceed 65536") :   missing value where TRUE/FALSE needed

到此,相信大家对"pheatmap NA/NaN/Inf聚类错误怎么解决"有了更深的了解,不妨来实际操作一番吧!这里是网站,更多相关内容可以进入相关频道进行查询,关注我们,继续学习!

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