如何计算Kaks时批量提取多对基因的序列

小编给大家分享一下如何计算Kaks时批量提取多对基因的序列，希望大家阅读完这篇文章之后都有所收获，下面让我们一起去探讨吧！

计算Kaks时批量提取多对基因的序列

基因家族分析中，在计算kaks时需要将每组串联重复基因序列提取出，然后分别进行多序列比对。

我们给大家提供的脚本只能一对一对的提取序列，那数量少还可以，可如果串联重复基因太多就有些麻烦了。这里提供一个批量提取串联重复基因序列的脚本，可以将每组串联重复基因序列提取到单独的文件中。

首先我们需要准备3个文件：

1.串联重复基因对文件。每一行是一对串联重复基因，中间用Tab键分割。

2.所有基因cds序列。

3.一个空的目录。

脚本运行命令如下：

perl  get_fa_by_id_kaks.pl   WRKY.tandem   ../data/Sspon.v20180123.cds.fa   test/

WRKY.tandem：串联重复基因对文件；

../data/Sspon.v20180123.cds.fa：所有基因cds序列文件；

test/：空目录。

get_fa_by_id_kaks.pl就是脚本了，其代码如下：

#email: huangls@biomics.com.cndie "perl $0   " unless ( @ARGV == 3 );use Math::BigFloat;use Bio::SeqIO;use Bio::Seq;$in = Bio::SeqIO->new(        -file   => "$ARGV[1]",        -format => 'Fasta');my %gene;while ( my $seq = $in->next_seq() ) {        my ( $id, $sequence, $desc ) = ( $seq->id, $seq->seq, $seq->desc );        $gene{$id} = $seq;}open IN, "$ARGV[0]" or die "$!";my $n = 1;while () {        chomp;        next if /^#/;        my @a = split /\s+/;        my $out = Bio::SeqIO->new(                        -file   => ">$ARGV[2]/dup_gene_paired$n.fa",                        -format => 'Fasta'        );        if ( exists $gene{$a[0]} ) {                my ( $id, $sequence, $desc ) = ( $gene{$a[0]}->id, $gene{$a[0]}->seq, $gene{$a[0]}->desc );                my $newSeqobj = Bio::Seq->new(-seq => $sequence,                -id =>$id,                );                $out->write_seq($newSeqobj);        }        if ( exists $gene{$a[1]} ) {                my ( $id, $sequence, $desc ) = ( $gene{$a[1]}->id, $gene{$a[1]}->seq, $gene{$a[1]}->desc );                my $newSeqobj = Bio::Seq->new(-seq => $sequence,                -desc => $desc,                -id =>$id,                );                $out->write_seq($newSeqobj);        }        $n++;        $out->close();}close(IN);$in->close();

看完了这篇文章，相信你对"如何计算Kaks时批量提取多对基因的序列"有了一定的了解，如果想了解更多相关知识，欢迎关注行业资讯频道，感谢各位的阅读！