Pacbio中Cogent如何安装

这篇文章主要介绍了Pacbio中Cogent如何安装，具有一定借鉴价值，感兴趣的朋友可以参考下，希望大家阅读完这篇文章之后大有收获，下面让小编带着大家一起了解一下。

具体的步骤如下：

1. 安装Anaconda， 这个可以参考我们前面安装Iso-seq3的文档

2. 按Cogent 的依赖包

conda install -n anaCogent5.2 biopythonconda install -n anaCogent5.2 -c http://conda.anaconda.org/cgat bx-pythonconda install -c http://conda.anaconda.org/timcera pulp

3. 安装Cogent, 目前的版本是v3.5,

cd git clone https://github.com/Magdoll/Cogent.gitcd Cogent# 目前最新版本是v3.5 git checkout tags/v3.5git submodule update --init --recursivecd  Complete-Striped-Smith-Waterman-Library/srcmakeexport LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/Cogent/Complete-Striped-Smith-Waterman-Library/srcexport PYTHONPATH=$PYTHONPATH:/Cogent/Complete-Striped-Smith-Waterman-Library/srccd ../../python setup.py buildpython setup.py install

4. 验证Cogent安装是否成功

run_mash.py --version

如果说执行该条命令，能够输出Cogent的版本信息，那么安装就是成功的

感谢你能够认真阅读完这篇文章，希望小编分享的"Pacbio中Cogent如何安装"这篇文章对大家有帮助，同时也希望大家多多支持，关注行业资讯频道，更多相关知识等着你来学习!