Pacbio中Cogent如何安装
发表于:2024-10-27 作者:千家信息网编辑
千家信息网最后更新 2024年10月27日,这篇文章主要介绍了Pacbio中Cogent如何安装,具有一定借鉴价值,感兴趣的朋友可以参考下,希望大家阅读完这篇文章之后大有收获,下面让小编带着大家一起了解一下。具体的步骤如下:1. 安装Anaco
千家信息网最后更新 2024年10月27日Pacbio中Cogent如何安装
这篇文章主要介绍了Pacbio中Cogent如何安装,具有一定借鉴价值,感兴趣的朋友可以参考下,希望大家阅读完这篇文章之后大有收获,下面让小编带着大家一起了解一下。
具体的步骤如下:
1. 安装Anaconda, 这个可以参考我们前面安装Iso-seq3的文档
2. 按Cogent 的依赖包
conda install -n anaCogent5.2 biopythonconda install -n anaCogent5.2 -c http://conda.anaconda.org/cgat bx-pythonconda install -c http://conda.anaconda.org/timcera pulp
3. 安装Cogent, 目前的版本是v3.5,
cdgit clone https://github.com/Magdoll/Cogent.gitcd Cogent# 目前最新版本是v3.5 git checkout tags/v3.5git submodule update --init --recursivecd Complete-Striped-Smith-Waterman-Library/srcmakeexport LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH: /Cogent/Complete-Striped-Smith-Waterman-Library/srcexport PYTHONPATH=$PYTHONPATH: /Cogent/Complete-Striped-Smith-Waterman-Library/srccd ../../python setup.py buildpython setup.py install
4. 验证Cogent安装是否成功
run_mash.py --version
如果说执行该条命令,能够输出Cogent的版本信息,那么安装就是成功的
感谢你能够认真阅读完这篇文章,希望小编分享的"Pacbio中Cogent如何安装"这篇文章对大家有帮助,同时也希望大家多多支持,关注行业资讯频道,更多相关知识等着你来学习!
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