R语言怎么安装芯片原始数据标准化的包
发表于:2024-09-22 作者:千家信息网编辑
千家信息网最后更新 2024年09月22日,这篇"R语言怎么安装芯片原始数据标准化的包"文章的知识点大部分人都不太理解,所以小编给大家总结了以下内容,内容详细,步骤清晰,具有一定的借鉴价值,希望大家阅读完这篇文章能有所收获,下面我们一起来看看这
千家信息网最后更新 2024年09月22日R语言怎么安装芯片原始数据标准化的包
这篇"R语言怎么安装芯片原始数据标准化的包"文章的知识点大部分人都不太理解,所以小编给大家总结了以下内容,内容详细,步骤清晰,具有一定的借鉴价值,希望大家阅读完这篇文章能有所收获,下面我们一起来看看这篇"R语言怎么安装芯片原始数据标准化的包"文章吧。
芯片原始数据下载后进行质控标准化除了基于相关的软件外,也可以利用bioconductor的几个包,不过需要注意介于R版本的问题,包的安装基于install.packages可能安装不成功。
具体安装方法最好去网站查找R包和对应R版本,新老版本的R差别可能会很大。
下面基于R version 3.5.1下面基于列举几个芯片原始数据质控标准化的包
1、affy 针对affymetrix 芯片CEL文件进行分析标准化,标准化算法RMA、 MAS5,可以分别对应rma和mas5两个函数直接对affybatch操作,获得标准化后的数据
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager")BiocManager::install("affy", version = "3.8")
2、lumi 可以对Illumina microarray为标准化的数据进行预处理
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager")BiocManager::install("lumi", version = "3.8")
Illumina beadarray 还可以基于beadarray包进行预处理
3、limma除进行芯片数据差异表达筛选外,也可以进行芯片数据标准化处理,包括agilent芯片
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager")BiocManager::install("limma", version = "3.8")
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