如何使用itol批量修改进化树中的名称及添加分组名称

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配置文件准备

首先来看一下所需要的文件的格式：

LABELSSEPARATOR TABDATA#NODE_ID,LABEL4530    Oryza sativa45157    Cyanidioschyzon merolae237895    Cryptosporidium hominis184922    Giardia lamblia56636    Aeropyrum pernix3702    Arabidopsis thaliana33169    Eremothecium gossypii222523    Bacillus cereus ATCC 109871423    Bacillus subtilis216816    Bifidobacterium longum

格式说明：

注释文件中以"#"开头的行是注释行，只起说明作用，iTOL不会读取该行的内容。

LABELS：注释文件数据类型声明，这里声明数据集是对进化树标签进行修改。

SEPARATOR TAB：指定数据分隔符，即数据列与列之间使用Tab分隔。也可指定分隔符为空格，需将"TAB"改为"SPACE"。（建议使用Tab分隔，这样修改的标签中可以使用空格）

如果没有特殊设置，以上部分通常不需要改，直接拷贝使用即可。

DATA 之后的行就是所有标签修改的数据信息。数据分为两列，第一列为进化树枝的原来的名称，第二列是修改后的名称。

配置文件美化

按照以上格式准备好注释文件，准备好文件后直接将其拖到iTOL进化树展示所在的位置，就能自动修改进化树的标签了。

添加外部分组名称

除此之外，还可以在进化树中添加外部分组名称，同样可以展示样品的更多信息。

添加外部标签所需要的注释文件格式如下：

DATASET_TEXT#SEPARATOR TAB#SEPARATOR SPACESEPARATOR COMMADATASET_LABEL,example text dataset 2COLOR,#ff00ffMARGIN,0LABEL_ROTATION,0DATA#the following fields are possible for each node:#ID,label,position,color,style,size_factor,rotation9606,Homo sapiens,-1,#ff0000,bold,1.5,454932,Eukaryota,-1,#000000,italic,2,90160,Bacteria,-1,#0000ff,bold,4,902234,Archaea,-1,#0000ff,normal,3,-45727,Something is here with a long label,-1,#ff0000,bold-italic,1,0

格式说明：

配置文件中以"#"开头的行是注释行，只起说明作用，iTOL不会读取该行的内容。

DATASET_TEXT：配置文件数据类型声明，这里声明数据集是对进化树添加文本信息。

SEPARATOR COMMA：指定数据分隔符，即数据列与列之间使用逗号分隔。

COLOR,#ff00ff：指定数据集初始颜色，可在后面进行更改。

MARGIN 0：指定外部标签与进化树之间的距离，可为负数，会导致与进化树重叠。

LABEL_ROTATION,0指定外部标签的初始角度。

如果没有特殊设置，以上部分通常不需要改，直接拷贝使用即可。

DATA 之后的行就是所有外部分组的数据信息。数据分为七列，第一列为进化树枝节点ID，第二列是外部分组名称，第三列是名称位置："-1"代表位于外部，第四列是分组名称颜色，第五列是字体设置，第六列是字体大小，最后一列是名称的角度。

同样的，按照以上格式准备好注释文件后，直接将其拖到iTOL进化树展示所在的位置，就能自动在进化树中添加外部分组名称了。

以上是"如何使用itol批量修改进化树中的名称及添加分组名称"这篇文章的所有内容，感谢各位的阅读！相信大家都有了一定的了解，希望分享的内容对大家有所帮助，如果还想学习更多知识，欢迎关注行业资讯频道！