怎么用R语言ggplot2画气泡图来展示基因表达量

今天重复的内容是论文中的figure2f

今天的推文主要介绍其中的气泡图，明天的推文介绍如何向气泡图上叠加树形图

按照论文提供的代码得到了画图用到的数据，部分数据如下

但是用他提供的画图代码没有能够画出图来。因为他用到了一个dot_plot()函数，没有找到这个函数是怎么来的。既然已经拿到了数据，就用ggplot2自己来画吧

data.final<-read.csv("NM/figure2f.csv",header=T)
head(data.final)

ggplot(data.final,aes(x=features.plot,y=id))+
  geom_point()

ggplot(data.final,aes(x=features.plot,y=id))+
  geom_point(aes(size=`Percent expressed`,
                 color=`Average expression`))

包括

• 去掉灰色背景
• 调整坐标轴字体方向
• 去掉坐标轴标题
• 更改配色

ggplot(data.final,aes(x=features.plot,y=id))+
  geom_point(aes(size=`Percent expressed`,
                 color=`Average expression`))+
  theme_bw()+
  theme(panel.grid = element_blank(),
        axis.text.x=element_text(angle=90,hjust = 1,vjust=0.5))+
  scale_color_gradient(low="lightgrey",high="blue")+
  labs(x=NULL,y=NULL)