R语言怎样读入比对好的fasta文件做NJ树并做boostrap检验
发表于:2024-10-29 作者:千家信息网编辑
千家信息网最后更新 2024年10月29日,R语言怎样读入比对好的fasta文件做NJ树并做boostrap检验,很多新手对此不是很清楚,为了帮助大家解决这个难题,下面小编将为大家详细讲解,有这方面需求的人可以来学习下,希望你能有所收获。首先是
千家信息网最后更新 2024年10月29日R语言怎样读入比对好的fasta文件做NJ树并做boostrap检验首先是读入数据
R语言怎样读入比对好的fasta文件做NJ树并做boostrap检验,很多新手对此不是很清楚,为了帮助大家解决这个难题,下面小编将为大家详细讲解,有这方面需求的人可以来学习下,希望你能有所收获。
今天推文用到的示例数据是参考链接2中提供的
usflu.fasta
,fasta文件已经比对好,R语言里读入fasta格式的数据可以使用adegenet
包中的fasta2DNAbin
函数
#install.packages("adegenet")
library(adegenet)
dna<-fasta2DNAbin(file = "usflu.fasta")
dna
计算距离矩阵library(ape)
dd<-dist.dna(dna)
构建NJ树用到的是
ape
包中的dist.dna()
函数
tree<-nj(dd)
ggtree进行可视化用到的是
ape
包中的nj()
函数
library(ggtree)
ggtree(tree)+
geom_tiplab(size=2)
做bootstrap检验bs.tree<-boot.phylo(tree,dna,
function(x)nj(dist.dna(x)),1000,
trees = TRUE)
将得到的bootstrap值合并到tree中tree$node.label<-bs.tree$BP
结果里展示bootstrap值这一步不知道对不对,好像是有问题,暂时还不知道如何验证
ggtree(tree)+
geom_tiplab(size=2)+
geom_nodelab(hjust=-0.2,size=2)
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