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R语言怎样读入比对好的fasta文件做NJ树并做boostrap检验

发表于：2024-10-29 作者：千家信息网编辑

千家信息网最后更新 2024年10月29日，R语言怎样读入比对好的fasta文件做NJ树并做boostrap检验，很多新手对此不是很清楚，为了帮助大家解决这个难题，下面小编将为大家详细讲解，有这方面需求的人可以来学习下，希望你能有所收获。首先是

千家信息网最后更新 2024年10月29日R语言怎样读入比对好的fasta文件做NJ树并做boostrap检验

R语言怎样读入比对好的fasta文件做NJ树并做boostrap检验，很多新手对此不是很清楚，为了帮助大家解决这个难题，下面小编将为大家详细讲解，有这方面需求的人可以来学习下，希望你能有所收获。

首先是读入数据

今天推文用到的示例数据是参考链接2中提供的usflu.fasta，fasta文件已经比对好，R语言里读入fasta格式的数据可以使用adegenet包中的fasta2DNAbin函数

#install.packages("adegenet")
library(adegenet)
dna<-fasta2DNAbin(file = "usflu.fasta")
dna

计算距离矩阵

library(ape)
dd<-dist.dna(dna)

用到的是ape包中的dist.dna()函数

构建NJ树

tree<-nj(dd)

用到的是ape包中的nj()函数

ggtree进行可视化

library(ggtree)

ggtree(tree)+
  geom_tiplab(size=2)

image.png

做bootstrap检验

bs.tree<-boot.phylo(tree,dna,
                    function(x)nj(dist.dna(x)),1000,
                    trees = TRUE)

将得到的bootstrap值合并到tree中

tree$node.label<-bs.tree$BP

这一步不知道对不对，好像是有问题，暂时还不知道如何验证

结果里展示bootstrap值

ggtree(tree)+
  geom_tiplab(size=2)+
  geom_nodelab(hjust=-0.2,size=2)

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