Bowtie2使用方法与参数的示例分析

这篇文章主要介绍了Bowtie2使用方法与参数的示例分析，具有一定借鉴价值，感兴趣的朋友可以参考下，希望大家阅读完这篇文章之后大有收获，下面让小编带着大家一起了解一下。

使用bowtie2进行段序列比对的步骤一般如下：

1.对参考序列构建index

bowtie2-build genome.fasta index

2.序列比对

bowtie2  -p 8 -x index -1reads1.fq -2 reads2.fq -S out.sam

必须参数：

-x 由bowtie2-build所生成的索引文件的前缀。

-1 双末端测寻对应的文件1。可以为多个文件，并用逗号分开；多个文件必须和-2中制定的文件一一对应。

-2 双末端测寻对应的文件2.

-U 非双末端测寻对应的文件。可以为多个文件，并用逗号分开。

-S 所生成的SAM格式的文件前缀。

输出参数：

-t/--time --un 将unpaired reads写入到.

--un-gz 将unpairedreads写入到, gzip压缩.

--un-bz2 将unpairedreads写入到, bz2压缩.

--al 将至少能比对1次以上的unpairedreads写入.

--al-gz ... ,gzip压缩.

--al-bz2 ... ,bz2压缩.

--un-conc 将不能和谐比对的paired-endreads写入.

--un-conc-gz ... ,gzip压缩.

--un-conc-bz2 ... ,bz2压缩.

--al-conc 将至少能和谐比对一次以上的paired-endreads写入.

--al-conc-gz ... ,gzip压缩.

--al-conc-bz2 ... ,bz2压缩.

Sam 参数：

--no-unal不记录没比对上的reads.

性能参数：

-p/--threads NTHREADS 设置线程数.Default: 1

--reorder 多线程运算时, 比对结果在顺序上会和文件中reads的顺序不一致, 使用该选项, 则使其一致.

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