怎么理解ArrayExpress数据库

本篇文章给大家分享的是有关怎么理解ArrayExpress数据库，小编觉得挺实用的，因此分享给大家学习，希望大家阅读完这篇文章后可以有所收获，话不多说，跟着小编一起来看看吧。

和GEO数据库类似，ArrayExpress是属于EBI旗下的公共数据库，用于存放芯片和高通量测序的相关数据。

数据来源于下图所示的两个部分

第一部分是由科研工作者提交的数据，第二部分是从GEO数据库自动导入的数据，在该数据库中，数据以实验experiments为单位，每个实验对应一个唯一的编号，如下图所示

第一列的Accession代表每个实验设计对应的编号，Assays表示该实验对应的样本总数，Raw代表原始数据。当前版本数据量如下

通过该数据库，我们可以

1. 检索数据，根据关键字，编号等查找感兴趣的数据集

2. 下载数据，基于公共数据进行分析挖掘

3. 提交数据，上传自己的数据到该数据库中

   
   

点击每个实验编号，可以显示详细信息，示意如下

红框标记的部分是通常会关注的3个部分，第一部分展示该实验包含的样本的详细信息，点击之后可以查看样本相关的metadata, 示意如下

第二部分用于下载数据，第三部分用于将该结果导入到其他软件，比如GenomeSpace中进行分析和查看。

除了下载和分析公共数据集，也可以上传自己的数据到该数据库。除了宏基因组/宏转录组， 转录组组装的相关结果数据，其他绝大部分数据都是可以上传到该数据库的，比如SNP分型，基因表达谱，chip_seq, atac_seq, 甲基化测序等结果都可以。

该数据库还配套了对应的API和R包，可以批量化，流程化地检索和下载数据，在没有数据的情况下，也可以基于ArrayExpress的公共数据进行深入挖掘。

以上就是怎么理解ArrayExpress数据库，小编相信有部分知识点可能是我们日常工作会见到或用到的。希望你能通过这篇文章学到更多知识。更多详情敬请关注行业资讯频道。