如何进行cBioportal使用
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cBioportal使用教程
cBioportal这个网站，促进多维度癌症基因集数据的探索，可以允许跨gene，样本和数据类型的可视化分析。用户可以可视化一个癌症研究中多样本间基因改变的模式，并比较点多癌症研究中gene改变频率，或者在一个个体肿瘤样本中总结概括所有的相关的基因组改变。这个网站也支持生物通路探索，生存分析，基因改变间的相互独特性分析，可选择性的数据下载，编程接口和可以用于发表的可视化总结。
整合进cBioPortal的基因组数据类型包括体细胞突变，DNA copy-number alterations（CNAs），Mrna和microRNA(miRNA)表达，DNA甲基化，蛋白质富集，磷酸化蛋白富集。目前，网站包含从多个癌症研究的数据集。
网站的简化概念是在基因水平整合多种数据类型，然后询问每个sample中专门的生物学事件的呈现（例如，基因突变，基因纯和删除，基因扩增，上调或下调的mRNA或miRNA）,蛋白的上下调等。这使得用户可以查询每个gene和每个样本的的遗传学改变，并检验复发（某些特殊癌症）。
cBioportal是一个国外网站，在访问时最好有vpn，否则打开的会很慢甚至打不开。
例子：分析PTEN基因在肝癌中的基因组和拷贝数
step1：选择癌症种类，也就是研究对象。在cBioPortal中至少包含32个癌症种类，240个study，基本覆盖所有常见肿瘤。
step2：选择所要分析的数据类型，这里的数据类型往往包括以下几种：Mutations（突变），putative copy-number alterations（拷贝数变异），mRNA expression z-score（基因表达），这里我们选择默认的突变和拷贝数变异。
step3：输入所要分析的基因PTEN
提交后即可分析
1.oncoprint显示7%的样本发生基因改变，类型大部分为PTEN缺失
2.plot可以绘制各种比较结果图，并可以根据需要更改参数
3.co-expression可以查看所分析基因与其他基因的相关性
4.通过comparison/survival绘制查看生存曲线
5.通过pathway查看所分析基因的通路信息
除此之外，通过cBioPortal得到的一系列分析结果都可以下载保存
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