如何进行一键批量计算ka和ks
今天就跟大家聊聊有关如何进行一键批量计算ka和ks，可能很多人都不太了解，为了让大家更加了解，小编给大家总结了以下内容，希望大家根据这篇文章可以有所收获。
ParaAT安装
1. 下载ParaAT2.0
（https://bigd.big.ac.cn/tools/paraat）
解压后，"ParaAT.pl"是运行的脚本。可以把解压后的路径加入环境变量，或者用脚本所在的绝对路径来运行也可以。
2. 安装所需的依赖工具，依赖工具需要加入环境变量
蛋白比对工具，推荐安装muscle，比对效果相对最好，比对速度快，但
KaKs_Calculator (http://bigd.big.ac.cn/tools/kaks)
准备输入文件
1. 同源基因列表，文件格式如下：
geneA1 geneA2 geneA3geneB1 geneB2 geneB3geneC1 geneC2 geneC3geneD1 geneD2 geneD3
每一行表示一组同源基因，每一列表示每个物种对应的基因。gene ID之间用tab符隔开。
2. fasta格式的蛋白序列文件和核酸序列文件，注意gene ID要与同源基因列表文件中的ID一致；
3. 多线程运行，指定线程数量的文件。
这个文件只需要写入一个数字即可，表示有多少个线程同时运行。
三种示例文件可以在解压的安装包中找到，分别是：test.homologs, test.pep, test.cds, proc
运行ParaAT
运行代码如下:
ParaAT.pl -h test.homologs -n test.cds -a test.pep -p proc -m muscle -g -k -o result_dir
-h, 指定同源基因列表文件
-n, 指定核酸序列文件
-a, 指定蛋白序列文件
-p, 指定多线程文件
-m, 指定比对工具
-g, 去除比对有gap的密码子
-k, 用KaKs_Calculator 计算kaks值
-o, 输出结果的目录
注：
1. 如果需要用PAML，Hyphy等工具分析kaks时，ParaAT也可以生成这些工具所需的输入文件（-f 参数）
2. 如果是细菌的序列，需要设置成细菌对应的Genetic Code used （-c 11）。其他物种同理，默认的是The Standard Code （-c 1）
看完上述内容，你们对如何进行一键批量计算ka和ks有进一步的了解吗？如果还想了解更多知识或者相关内容，请关注行业资讯频道，感谢大家的支持。
