perl如何从MEGA进化树分析结果的nwk文件中提取基因ID

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从nwk文件中提取基因ID

之前多次遇到需要从nwk文件中提取基因ID的情况，为此写了一脚本，可以实现此操作。

用法：

perl  nwk_geneid.pl  -i in.nwk  -o out.txt

in.nwk 为输入的nwk文件，out.txt是输出的基因ID文件。

脚本代码；

use Getopt::Long;use strict;my %opts;GetOptions(\%opts,"i=s","o=s","h");open(IN,"$opts{i}") || die "open $opts{i} failed\n";open(OUT,">$opts{o}") ||die "open $opts{o} failed\n";while(){chomp;my $str = $_;$str =~ s/\d\.\d+//g;$str =~ s/\(//g;$str =~ s/\)//g;$str =~ s/://g;$str =~ s/;//g;my @line = split(",",$str);print OUT join("\n",@line);}close(IN);close(OUT);

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