怎么过滤fasta文件
发表于:2024-10-13 作者:千家信息网编辑
千家信息网最后更新 2024年10月13日,这篇文章主要介绍了怎么过滤fasta文件的相关知识,内容详细易懂,操作简单快捷,具有一定借鉴价值,相信大家阅读完这篇怎么过滤fasta文件文章都会有所收获,下面我们一起来看看吧。fasta文件有其固定
千家信息网最后更新 2024年10月13日怎么过滤fasta文件
这篇文章主要介绍了怎么过滤fasta文件的相关知识,内容详细易懂,操作简单快捷,具有一定借鉴价值,相信大家阅读完这篇怎么过滤fasta文件文章都会有所收获,下面我们一起来看看吧。
fasta文件有其固定的格式,如果某些序列格式错误或者出现一些不该出现的字符(例如乱码),就需要过滤掉这些序列。过滤方法比较简单,一个脚本就可以完成,避免重复的手动删除。
脚本运行命令:
perl fasta.filter.pl -in in.fasta -o out.fasta
其中 :
fasta.filter.pl:脚本名称;
-in:输入选项,后跟输入文件名称;
-o:输出选项,后跟输出文件名称。
脚本如下:
use Bio::SeqIO;use Bio::Seq;use Getopt::Long;my %opts;GetOptions(\%opts,"in=s","o=s","h");my$in = Bio::SeqIO->new(-file => "$opts{in}" , -format => 'Fasta');my$out = Bio::SeqIO->new(-file => ">$opts{o}" , -format => 'Fasta');while(my $seq = $in->next_seq()){ my ($id,$seqence,$desc)=($seq->id,$seq->seq,$seq->desc); next if($seqence eq ""); next if($seqence =~ [^ATCGNatcgn]); $out->write_seq($seq); $out->close();} $in->close(); $out->close();
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文件
脚本
名称
知识
内容
后跟
序列
格式
篇文章
输入
输出
乱码
价值
命令
字符
手动
操作简单
文章
方法
易懂
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