对peak区域进行基因注释的在线工具PAVIS是怎样的
发表于:2024-09-21 作者:千家信息网编辑
千家信息网最后更新 2024年09月21日,这篇文章给大家介绍对peak区域进行基因注释的在线工具PAVIS是怎样的,内容非常详细,感兴趣的小伙伴们可以参考借鉴,希望对大家能有所帮助。PAVIS是一个在线工具,可以对peak区间与基因组各个特种
千家信息网最后更新 2024年09月21日对peak区域进行基因注释的在线工具PAVIS是怎样的
这篇文章给大家介绍对peak区域进行基因注释的在线工具PAVIS是怎样的,内容非常详细,感兴趣的小伙伴们可以参考借鉴,希望对大家能有所帮助。
PAVIS是一个在线工具,可以对peak区间与基因组各个特种的overlap情况进行注释。
对于一个gene而言,将其分成了以下区域,图示如下
蓝色方框代表外显子,红色线条代表内含子,在第一个外显子的5'端为转录起始位点TSS, 在最后一个外显子的3'端为转录终止位点TTS。TSS和TTS之间的所有序列通过剪切形成成熟mRNA序列。在剪切过程中内含子会被去除,只保留外显子。mRNA在翻译过程中,在5'端和3'端各有一段不翻译的区域,称之为UTR,对应图中绿色方框的部分。
TSS上游区域称之启动子区,也称之为upstream, 由于没有明确的长度定义,在实际处理中,通常取一个固定的阈值,比如2kb等;与之对应,在TTS下游的区域称之为downstram, 也是取一个固定长度。
在线工具的用法如下,首先选取对应的基因注释,并定义upstream和downstream的长度,然后上传bed格式的peak文件就可以了,示意如下
在结果页面,首先用表格展示各部分的比例
除此之外,还采用饼图和柱状图展示各个部分的比例,示意如下
关于对peak区域进行基因注释的在线工具PAVIS是怎样的就分享到这里了,希望以上内容可以对大家有一定的帮助,可以学到更多知识。如果觉得文章不错,可以把它分享出去让更多的人看到。
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