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R语言circlize包是怎样的

发表于:2025-01-23 作者:千家信息网编辑
千家信息网最后更新 2025年01月23日,R语言circlize包是怎样的,针对这个问题,这篇文章详细介绍了相对应的分析和解答,希望可以帮助更多想解决这个问题的小伙伴找到更简单易行的方法。代码library(circlize)library(
千家信息网最后更新 2025年01月23日R语言circlize包是怎样的

R语言circlize包是怎样的,针对这个问题,这篇文章详细介绍了相对应的分析和解答,希望可以帮助更多想解决这个问题的小伙伴找到更简单易行的方法。


代码
library(circlize)
library(RColorBrewer)
col<-RColorBrewer::brewer.pal(6,"Paired")
df<-data.frame(chr=sample(c(paste0("chr",1:6)),1000,replace = T),
x=rnorm(1000),
y=rnorm(1000))
head(df)
circos.initialize(factors = df$chr,x=df$x)
circos.trackPlotRegion(factors = df$chr,y=df$y,
panel.fun = function(x,y){
circos.axis()
})
for(i in 1:6){
highlight.sector(sector.index = paste0("chr",i),col=col[i])
circos.text(CELL_META$xcenter, CELL_META$ycenter,
labels = paste0("chr",i),sector.index = paste0("chr",i))
}
circos.trackHist(df$chr,df$x,col=col)
circos.link("chr1",0,"chr2",0)
circos.link("chr4",c(-2,0),"chr3",c(-2,2),col="blue")
circos.link("chr4", c(0, 2), "chr6", c(-2, 0), col = "orange")
circos.link("chr5", c(0, 2), "chr1", c(-2, 2), col = "lightgrey")
circos.clear()
image.png

这里遇到一个问题是

circos.trackPoints(df$chr,df$x,df$y,pch=16,cex=0.5,col=col)
circos.trackHist(df$chr,df$x,col=col)

为什么circos.trackPoints(df$chr,df$x,df$y,pch=16,cex=0.5,col=col)没有新创建一圈呢?
第二个问题是:
circos.text()函数的两个参数

CELL_META$xcenter

CELL_META$ycenter

是哪里来的呀?如果我想把文本放在每个单元格的中间是固定用这两个参数就可以吗?

另外的参数

  • sector.index

  • track.index

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