bioperl如何读写fasta/fastq压缩文件

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bioperl读写fasta/fastq压缩文件

bioperl读写gz压缩格式的fasta/fastq文件方法如下：

输入文件句柄：

fastq文件

open my $FQ ,"zcat infile.fq.gz|" or die "$!";

my$fq=Bio::SeqIO->new(-fh=>$FQ,-format=>'fastq');

fasta文件

open my $FA ,"zcat infile.fa.gz|" or die "$!";

my$fa=Bio::SeqIO->new(-fh=>$FA,-format=>'fasta');

输出文件句柄：

fastq文件

open my $GZ ,"| gzip >outfile.fq.gz" or die $!;

my$out = Bio::SeqIO->new(-fh => $GZ , -format => 'fastq');

fasta文件

open my $GZ ,"| gzip >outfile.fa.gz" or die $!;

my$out = Bio::SeqIO->new(-fh => $GZ , -format => 'fasta');

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