R语言ggplot2怎么画四方形的热图并展示相关系数
发表于:2025-02-04 作者:千家信息网编辑
千家信息网最后更新 2025年02月04日,R语言ggplot2怎么画四方形的热图并展示相关系数,很多新手对此不是很清楚,为了帮助大家解决这个难题,下面小编将为大家详细讲解,有这方面需求的人可以来学习下,希望你能有所收获。接下来是文字版第一步是
千家信息网最后更新 2025年02月04日R语言ggplot2怎么画四方形的热图并展示相关系数接下来是文字版
R语言ggplot2怎么画四方形的热图并展示相关系数,很多新手对此不是很清楚,为了帮助大家解决这个难题,下面小编将为大家详细讲解,有这方面需求的人可以来学习下,希望你能有所收获。
第一步是做相关性分析,获得相关系数
R语言里做相关性分析需要准备的数据格式如下:每行是一个样本,每列是一个变量,存储到excel中,然后另存为csv格式数据
首先是读入数据需要示例数据的可以直接在文末留言
df<-read.csv("example_data/cor_plot_example.csv",
header=T,
row.names = 1)
df
相关性分析直接用cor()
函数获得相关系数矩阵
cordf<-cor(df)
cordf
相关系数矩阵是宽格式的数据,ggplot2作图通常是长格式数据,把宽格式变成长格式直接使用reshape2
包中的melt()
函数就可以了plotdf<-reshape2::melt(cordf)
plotdf
接下来就是用ggplot2画图了最基本的热图
library(ggplot2)
ggplot(plotdf,aes(x=Var1,y=Var2))+
geom_tile(aes(fill=value))
更改配色ggplot(plotdf,aes(x=Var1,y=Var2))+
geom_tile(aes(fill=value))+
scale_fill_gradient2(low="green",mid="white",high = "red")
将相关系数的数值作为文字标签ggplot(plotdf,aes(x=Var1,y=Var2))+
geom_tile(aes(fill=value))+
scale_fill_gradient2(low="green",mid="white",high = "red")+
geom_text(aes(label=value))
相关系数的小数位数太多,我们只保留两位plotdf$value<-round(plotdf$value,2)
ggplot(plotdf,aes(x=Var1,y=Var2))+
geom_tile(aes(fill=value))+
scale_fill_gradient2(low="green",mid="white",high = "red")+
geom_text(aes(label=value))
这样最基本的热图就做好了,接下来是简单的美化包括去掉灰色背景,去掉坐标轴的标题和小短线
ggplot(plotdf,aes(x=Var1,y=Var2))+
geom_tile(aes(fill=value))+
scale_fill_gradient2(low="green",mid="white",high = "red")+
geom_text(aes(label=value))+
theme(panel.background = element_blank(),
axis.title = element_blank(),
axis.ticks = element_blank())
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