R语言的nomogram_multi_cox.r怎么用

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nomogram_multi_cox.r 多因素cox分析构建模型并绘制列线图nomogram

使用说明：

列线图用的R包rms；

$Rscript $scriptdir/nomogram_multi_cox.r -husage: /share/nas1/huangls/test/TCGA_immu/scripts/nomogram_multi_cox.r       [-h] -i data -t time -e event -v variate [variate ...]       [-P predict.time [predict.time ...]] [-c cut.score] [-s seed]       [-o outdir] [-p prefix]cox regression analysis gene expressionoptional arguments:  -h, --help            show this help message and exit  -i data, --data data  input data file path[required]  -t time, --time time  set suvival time column name [required]  -e event, --event event                        set event column name must 0 or 1 code format                        [required]  -v variate [variate ...], --variate variate [variate ...]                        variate for cox analysis [required]  -P predict.time [predict.time ...], --predict.time predict.time [predict.time ...]                        Time point to draw the ROC curve [default 365 1095                        1825]  -c cut.score, --cut.score cut.score                        set cut score value to divide high and low risk groups                        [default median]  -s seed, --seed seed  set random seed [default 2021]  -o outdir, --outdir outdir                        output file directory [default cwd]  -p prefix, --prefix prefix                        out file name prefix [default cox]

使用举例:

Rscript $scriptdir/nomogram_multi_cox.r -i nomogram_metadata.tsv -e EVENT -t TIME \  -v riskScore      ajcc_pathologic_stage       -o multicox.nomogram\  -p  multicox   -P 365 710 1095

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