blast如何批量注释输出结果指定需要的列信息
发表于:2024-10-21 作者:千家信息网编辑
千家信息网最后更新 2024年10月21日,今天小编给大家分享一下blast如何批量注释输出结果指定需要的列信息的相关知识点,内容详细,逻辑清晰,相信大部分人都还太了解这方面的知识,所以分享这篇文章给大家参考一下,希望大家阅读完这篇文章后有所收
千家信息网最后更新 2024年10月21日blast如何批量注释输出结果指定需要的列信息
今天小编给大家分享一下blast如何批量注释输出结果指定需要的列信息的相关知识点,内容详细,逻辑清晰,相信大部分人都还太了解这方面的知识,所以分享这篇文章给大家参考一下,希望大家阅读完这篇文章后有所收获,下面我们一起来了解一下吧。
blast批量注释输出结果指定需要的列信息
makeblastdb -in PlantTFDB-all_TF_pep.fas -dbtype prot -title PlantTFDB-all_TF_pep.fas#提取基因列表对应的蛋白序列:python $scriptdir/get_fa_by_id.py -i ../7.all_enrich/gene.list \ -f ../7.all_enrich/pep.fa -p query#转录因子blastp注释blastp -query query.fa -db Ath_pep.fas -max_hsps 1 \ -num_alignments 1 -evalue 1e-5 -num_threads 2 \ -outfmt "6 qseqid sseqid qlen slen pident length mismatch gapopen qstart qend sstart send evalue bitscore qcovs stitle"\ -out tf.blast.out
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