vcftools基本参数有哪些
这篇文章主要为大家展示了"vcftools基本参数有哪些"，内容简而易懂，条理清晰，希望能够帮助大家解决疑惑，下面让小编带领大家一起研究并学习一下"vcftools基本参数有哪些"这篇文章吧。
vcftools使用
vcftools是一种可以对VCF文件和BCF文件进行格式转换及过滤的工具，其中很多过滤及计算功能我们可以自己使用perl或者python编写脚本实现，但都不如这个工具的运算速度快。
基本参数
输入参数
-vcf
支持v4.0、v4.1或者v4.2版本的VCF文件 -gzvcf
通过gzipped压缩过的VCF文件 -bcf
BCF2文件
输出参数
-out
输出文件，后面直接对输出文件命名 -stdout 可接管道符对输出结果进行重新定向
-temp
指定结果的输出目录
过滤参数
根据位置过滤
-chr
-not-chr
包含或排除匹配的染色体位点-from-bp
-to-bp
这两个参数需要和-chr一起使用
指定要处理的一系列站点的下限和上限-positions
-exclude-positions
根据文件中的位置列表包括或排除一组位点。输入文件的每一行应包含（制表符分隔的）染色体和位置
······
根据位点过滤
-snp
字符串的名称可以匹配dbSNP的数据，适合人类基因组，该指令可多次使用 -snps
-exclude
包括或排除文件中给出的SNP列表
变异类型过滤
-keep-only-indels 只保留indel标记
-remove-indels 删除indel标记
根据flag过滤
-remove-filtered-all Removes all sites with a FILTER flag other than PASS.
-keep-filtered
-remove-filtered
根据INFO过滤
-keep-INFO
-remove-INFO
根据ALLELE过滤
-maf
MAF最小值过滤 -max-maf
MAF最大值过滤
此处省去很多参数，具体参见vcftools官网
根据基因型数值过滤
-min-meanDP
-max-meanDP
根据测序深度进行过滤 -hwe
-max-missing
完整度，该参数介于0，1之间
根据材料过滤
-indv
-remove-indv
-keep
-remove
-max-indv
基因型过滤参数
-remove-filtered-geno-all 排除flag不为'.'和'PASS'的基因型
-remove-filtered-geno
排除flag为string的基因型 -minGQ
排除GQ低于这个参数的基因型 -minDP
-maxDP
计算统计
核算多样性统计
-site-pi 计算所有SNP
-window-pi
-window-pi-step
FST计算
-weir-fst-pop
-fst-window-size
-fst-window-step
其它计算
-het
-hardy
-site-quality 主要用于提取VCF文件中每个位点的QUAL信```
--missing-indv
--missing-site 计算每个位点的缺失率
vcftools --vcf test.recode.vcf --missing-site --out ms
-SNPdensity
计算SNP在设定bin内的密度
...太多了详情见参考手册
输出格式
-recode
-recode-bcf
-recode-INFO
-recode-INFO-all
-contigs
格式转换
-012
-IMPUTE
-ldhat
-ldhat-geno
-BEAGLE-GL
-BEAGLE-PL
-plink
vcftools --vcf all.filter.vcf --plink --out aa ;
-plink-tped
-chrom-map
比较选项
DIFF VCF FILE
-diff
-gzdiff
-diff-bcf
-diff-site
-diff-indv
-diff-site-discordance
-diff-indv-discordance
-diff-indv-map
-diff-discordance-matrix
-diff-switch-error
实例
1.输出来自染色体1的输入vcf文件中所有位点的等位基因频率
vcftools --gzvcf input_file.vcf.gz --freq --chr 1 --out chr1_analysis
2.从输入vcf文件输出新的vcf文件，该文件删除任何indel位点
vcftools --vcf input_file.vcf --remove-indels --recode --recode-INFO-all --out SNPs_only
3.输出文件比较两个vcf文件中的站点
vcftools --gzvcf input_file1.vcf.gz --gzdiff input_file2.vcf.gz --diff-site --out in1_v_in2
4.将新的vcf文件输出到标准输出，没有任何具有过滤器标记的位点，然后使用gzip压缩它
vcftools --gzvcf input_file.vcf.gz --remove-filtered-all --recode --stdout | gzip -c > output_PASS_only.vcf.gz
5.为bcf文件中的每个站点输出Hardy-Weinberg p值，该站点没有任何缺失的基因型
vcftools --bcf input_file.bcf --hardy --max-missing 1.0 --out output_noMissing
6.在一系列位置输出核苷酸多样性
zcat input_file.vcf.gz | vcftools --vcf - --site-pi --positions SNP_list.txt --out nucleotide_diversity
以上是"vcftools基本参数有哪些"这篇文章的所有内容，感谢各位的阅读！相信大家都有了一定的了解，希望分享的内容对大家有所帮助，如果还想学习更多知识，欢迎关注行业资讯频道！
