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R语言如何计算GC/AT含量

发表于：2024-11-13 作者：千家信息网编辑

千家信息网最后更新 2024年11月13日，本篇文章给大家分享的是有关R语言如何计算GC/AT含量，小编觉得挺实用的，因此分享给大家学习，希望大家阅读完这篇文章后可以有所收获，话不多说，跟着小编一起来看看吧。今天给大家介绍一个可以处理FASTA

千家信息网最后更新 2024年11月13日R语言如何计算GC/AT含量

本篇文章给大家分享的是有关R语言如何计算GC/AT含量，小编觉得挺实用的，因此分享给大家学习，希望大家阅读完这篇文章后可以有所收获，话不多说，跟着小编一起来看看吧。

今天给大家介绍一个可以处理FASTA文件的包-Biostrings。这个包主要是处理基因组的一些序列信息，包括：序列翻译、DNA/RNA互转、统计各个碱基的含量、三连字母的含量.....这些都是一行命令可以解决的。今天就先来教大家怎样计算GC/AT含量。

首先是安装，代码如下：

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")biocLite("Biostrings")

输入代码后需要耐心地等待几分钟。

安装完毕，只需敲几行代码，就可以实现GC/AT含量可视化。

#序列文件储存路径filepath<-"C:/Users/dell/Desktop/sequence.fasta"#读取文件（FASTA格式）x<-readDNAStringSet(filepath)chrom<-x[[1]]#每100个碱基为窗口计算AT含量at<-rowSums(letterFrequencyInSlidingView(chrom,100,c("A","T")))/100#获取描述性统计量根据此设置坐标summary(at)#画图plot(at,type='l',axes=F,xlab=NA,ylab=NA,ylim=c(0.2,0.8))axis(2,at=c(0.2,0.4,0.6,0.8),labels=c("20%","40%","60%","80%"))#纵坐标设置根据summary函数计算结果axis(1,at=c(0,2000,4000,6000,8000,10000,12000,14434),labels=c("Start","2000","4000","6000","8000","10000","12000","End"))#根据基因组显示横坐标信息

运行，结果如下：