在chip_seq数据分析中peak注释信息的示例分析

这篇文章主要介绍了在chip_seq数据分析中peak注释信息的示例分析，具有一定借鉴价值，感兴趣的朋友可以参考下，希望大家阅读完这篇文章之后大有收获，下面让小编带着大家一起了解一下。

在chip_seq数据分析中，peak calling是核心，得到peak区间之后，我们首先需要对peak进行注释。所谓的注释其实是一个比较宽泛的概念，其中包含了以下多种类型的注释信息

1. enrichment profile

profile是一个生信分析中的高频词汇，在不同组学数据中有不同的含义，在这里代表的是peak区域的reads在基因组上的分布。最基础的注释内容就是查看peak区域的reads在各个染色体上的分布，示意如下

enrichment代表的是富集，这里的富集是针对某个特征位点而言的，比如最常见的在转录起始位点两侧peak reads的分布图，示意如下

折线图反映的是所有转录本上peak区域reads的分布情况，为了将所有转录本用一个值来表示，通常会取均值。对应的还有一种热图的展示方式，每一行代表一个转录本，示意如下

除了TSS这种单个位点的分布外，还可以展示整个基因组上的分布，示意如下

2. genome location annotation

这种注释主要分析peak区间与基因组各种区间的overlap情况，比如5'UTR,3'UTR, exon等区域，然后绘制饼图或者柱状图，示意如下

根据注释文件的不同，划分的基因组区域也有所变化。

3. gene annotation

这部分注释主要分析peak区间与基因的关系，可以细分为overlap gene和nearest non-ovlap gene两种。第一种分析确定peak区间位于哪些基因的区域，示意如下

第二种分析peak上下游最近的区间没有交集的基因，示意如下

之所以做基因注释，是为了探究转录因子或者组蛋白修饰的靶基因，目前对于靶基因的筛选策略并没有统一的说法，以上两种注释筛选出来的基因都可以作为候选的靶基因，然后进行后续的GO/KEGG等功能富集分析。

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