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如何使用awk筛选差异基因

发表于:2024-12-12 作者:千家信息网编辑
千家信息网最后更新 2024年12月12日,小编给大家分享一下如何使用awk筛选差异基因,相信大部分人都还不怎么了解,因此分享这篇文章给大家参考一下,希望大家阅读完这篇文章后大有收获,下面让我们一起去了解一下吧!命令行筛选差异基因将图片拖文件格
千家信息网最后更新 2024年12月12日如何使用awk筛选差异基因

小编给大家分享一下如何使用awk筛选差异基因,相信大部分人都还不怎么了解,因此分享这篇文章给大家参考一下,希望大家阅读完这篇文章后大有收获,下面让我们一起去了解一下吧!

命令行筛选差异基因

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ID  log2fc  FDRgene1   1   0.001gene2   -1  0.001gene3   1   0.001gene4   2   0.0001

筛选条件:log2fc的绝对值大于1,FDR<0.05

命令:

awk 'BEGIN{OFS=FS="\t"}{if(FNR==1) print $0; else {abs_log2fc=($2<0?$2*(-1):$2);if(abs_log2fc>=1 && $3<0.05) print $0;}}' de_gene.txt

$2代表的是第二列的log2fc,你的文件的log2fc在哪一列就用$第几列,$3代表FDR,你的文件第几列是也是写$第几列


筛选差异基因存储到不同的文件
命令:

awk 'BEGIN{OFS=FS="\t"; up="up"; dw="dw";}{if(FNR==1) {print $0 >up; print $0 >dw;} else if ($3<0.05) {if ($2>=1) print $0 >up; else if($2<=-1) print $0 >dw;}}' de_gene.txt

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