如何使用awk筛选差异基因
发表于:2024-12-12 作者:千家信息网编辑
千家信息网最后更新 2024年12月12日,小编给大家分享一下如何使用awk筛选差异基因,相信大部分人都还不怎么了解,因此分享这篇文章给大家参考一下,希望大家阅读完这篇文章后大有收获,下面让我们一起去了解一下吧!命令行筛选差异基因将图片拖文件格
千家信息网最后更新 2024年12月12日如何使用awk筛选差异基因
小编给大家分享一下如何使用awk筛选差异基因,相信大部分人都还不怎么了解,因此分享这篇文章给大家参考一下,希望大家阅读完这篇文章后大有收获,下面让我们一起去了解一下吧!
命令行筛选差异基因
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ID log2fc FDRgene1 1 0.001gene2 -1 0.001gene3 1 0.001gene4 2 0.0001
筛选条件:log2fc的绝对值大于1,FDR<0.05
命令:
awk 'BEGIN{OFS=FS="\t"}{if(FNR==1) print $0; else {abs_log2fc=($2<0?$2*(-1):$2);if(abs_log2fc>=1 && $3<0.05) print $0;}}' de_gene.txt
$2代表的是第二列的log2fc,你的文件的log2fc在哪一列就用$第几列,$3代表FDR,你的文件第几列是也是写$第几列
筛选差异基因存储到不同的文件
命令:
awk 'BEGIN{OFS=FS="\t"; up="up"; dw="dw";}{if(FNR==1) {print $0 >up; print $0 >dw;} else if ($3<0.05) {if ($2>=1) print $0 >up; else if($2<=-1) print $0 >dw;}}' de_gene.txt
以上是"如何使用awk筛选差异基因"这篇文章的所有内容,感谢各位的阅读!相信大家都有了一定的了解,希望分享的内容对大家有所帮助,如果还想学习更多知识,欢迎关注行业资讯频道!
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