RNAmmer怎么用
发表于：2025-02-04 作者：千家信息网编辑
千家信息网最后更新 2025年02月04日，这篇文章主要讲解了"RNAmmer怎么用"，文中的讲解内容简单清晰，易于学习与理解，下面请大家跟着小编的思路慢慢深入，一起来研究和学习"RNAmmer怎么用"吧！RNAmmer为一款专门的rRNA预测
千家信息网最后更新 2025年02月04日RNAmmer怎么用要想下载本地使用需首先在网站填写姓名、邮箱、机构等信息进行申请，之后会将软件下载链接会发送至邮箱。需要首先安装 Hmmer ，然后 RNAmmer 软件包下载解压后就可使用。其使用方法如下所示： 对细菌基因组序列进行预测，如下所示： 在细菌基因组中，一般 23S rRNA 与 5S rRNA 是紧挨在一起的，而其与 16S 人RNA 之间则隔着较长的序列片段。
这篇文章主要讲解了"RNAmmer怎么用"，文中的讲解内容简单清晰，易于学习与理解，下面请大家跟着小编的思路慢慢深入，一起来研究和学习"RNAmmer怎么用"吧！
RNAmmer为一款专门的rRNA预测工具，该软件所使用的隐马尔科夫模型的训练数据集选用5S rRNA数据库和欧洲rRNA数据库，具有极高的准确率。它既可以用来预测原核生物的5S、16S、23S rRNA，也可以用来预测真核生物的5S、5.8S、18S、28S Rrna，而且是不基于参考序列的从头预测。
rnammer -S bac -m lsu,ssu,tsu -xml out.xml -gff out.gff -h out.hmmreport -f out.rRNA.fasta genome.fasta-S 指定输入序列的物种所属的界：古菌arc、细菌bac或真核euk；-m 所需要预测的rRNA种类：'tsu'为5/8s rRNA，'ssu'为16/18s rRNA，'lsu'为23/28s rRNA。如果全部进行预测，则设置为为'tsu,ssu,lsu'；-multi 并行运算，预测正反两条链上所有的rRNA，最多并行运行6个计算，相当于-m lsu,ssu,tsu；-f 生成的rRNA的fasta结果文件名-h 生成的hmm结果报告文件名-gff 生成的rRNA的gff2文件名-xml 生成的xml结果文件名
rnammer -S bac -m lsu,ssu,tsu -gff twk.rRNA.gff -f twk.rRNA.fasta -h twk.rRNA.hmmreport new.scaffolds.fasta
在gff和fasta文件中可以看到5S、16S、28S rRNA的预测结果及其序列，如下所示：
感谢各位的阅读，以上就是"RNAmmer怎么用"的内容了，经过本文的学习后，相信大家对RNAmmer怎么用这一问题有了更深刻的体会，具体使用情况还需要大家实践验证。这里是，小编将为大家推送更多相关知识点的文章，欢迎关注！
序列
文件
文件名
结果
生成
数据
细菌
软件
学习
内容
基因
基因组
数据库
生物
邮箱
之间
从头
使用方法
准确率
原核
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