table2itol怎么安装设置
发表于:2024-09-23 作者:千家信息网编辑
千家信息网最后更新 2024年09月23日,本篇内容介绍了"table2itol怎么安装设置"的有关知识,在实际案例的操作过程中,不少人都会遇到这样的困境,接下来就让小编带领大家学习一下如何处理这些情况吧!希望大家仔细阅读,能够学有所成!tab
千家信息网最后更新 2024年09月23日table2itol怎么安装设置
本篇内容介绍了"table2itol怎么安装设置"的有关知识,在实际案例的操作过程中,不少人都会遇到这样的困境,接下来就让小编带领大家学习一下如何处理这些情况吧!希望大家仔细阅读,能够学有所成!
table2itol简介
table2itol是在GitHup上公开的R语言包,其作用是专门为iTOL生成所需的注释文件,只需准备表格形式的数据,包含配色方案的注释文件就会自动生成,极大提高了准备注释文件的效率。
table2itol下载安装
对于习惯使用Linux系统的同学,可以这样安装:
wget https://github.com/mgoeker/table2itol/archive/master.zip unzip master.zip ## 测试 cd table2itol-masterRscript table2itol.R chmod +x table2itol.R ./table2itol.R
习惯使用Windows系统的同学,可以这样安装:
GitHup上直接下载table2itol压缩包,解压后放在 F:\software 文件夹下。在R或Rstudio中导入table2itol.R。
setwd("F:/software/table2itol-master")source("table2itol.R")
table2itol依赖包安装
在R或Rstudio中,安装方法如下:
### 安装依赖包 site="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN" # 依赖包列表:参数解析、数据变换、绘图和开发包安装、安装依赖、ggplot主题 package_list = c("grid","ggplot2","gridExtra","vegan","reshape2","readODS") # 判断R包加载是否成功来决定是否安装后再加载 for(p in package_list){ if(!suppressWarnings(suppressMessages(require(p, character.only = TRUE, quietly = TRUE, warn.conflicts = FALSE)))){ install.packages(p, repos=site) suppressWarnings(suppressMessages(library(p, character.only = TRUE, quietly = TRUE, warn.conflicts = FALSE))) } } #### 安装缺少的R包 source("http://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite(c("optparse", "plotrix", "readODS", "readxl", "yaml"))
输入文件准备
table2itol的输入文件格式很多,以最常用的表格为例
选项设置
table2itol.R的选项有很多,不同选项可生成不同的注释文件,选项列表如下:
Options: -a, --abort Abort if a requested column cannot be found instead of just skipping the data set [default: FALSE] -b NAME, --background=NAME Column to define the background colours of the tip labels; empty means no background colours [default: ] -c NAME, --conversion=NAME Convert integer columns to factors ('factor') or numbers with decimal points ('double') or just not 0/1 to logical vectors ('keep') [default: none] -C FILE, --colour-file=FILE File in YAML format defining alternative colour vectors for domain output [default: ] -d, --double-to-bars Create bar charts, not gradients, from numbers with decimal points ('double') [default: FALSE] -D DIR, --directory=DIR Place output files in this directory ('.' means working directory, empty means input file directory) [default: .] -e NAME, --emblems=NAME Column to define symbol assignments; ignored if empty [default: ] -f NUMBER, --favour=NUMBER Numeric factor for favouring colours over symbols (higher => more colours relative to symbols) [default: 1] -G FILE, --gradient-file=FILE File in YAML format defining alternative colours for gradient and binary output [default: ] -h, --help Show this help message, then exit [default: FALSE] -i NAME, --identifier=NAME Mandatory identifier column; after modification as defined by --template this column must yield the tip labels of the tree [default: ID] -j NAME, --identifier2=NAME Optional 2nd identifier column, causing output of branchsymbols; together with -i this identifies a node [default: ] -l NAME, --label=NAME Column to define the tip labels displayed in the picture in place of the tip labels found in the tree [default: Label] -m INTEGER, --max-size=INTEGER Exceeding this threshold causes fewer colours and more symbols to be selected (see also --favour); also determines size of branch symbols [default: 20] -n TEXT, --na-strings=TEXT Sentinels for missing input values; several can be provided, separated by the value of --separator [default: (null) NA] -o NUMBER, --opacity=NUMBER Numeric factor for the transparency of the colours (0 => transparent, 1 => fully opaque) [default: 1] -p INTEGER, --precision=INTEGER Number of decimal points used in the gradient legends [default: 1] -r TEXT/NUMBER, --restrict=TEXT/NUMBER How to select from numeric values that yield branch symbols [default: ] -s CHARACTER, --separator=CHARACTER Input column separator for CSV-like files [default: ] -t PATTERN, --template=PATTERN Template for sprintf function to convert ID column when deviating from tip labels [default: %s] -w NUMBER, --width=NUMBER Border with used for domains, colour strips etc. [default: 0.5]
也可在解压安装目录下的 table2itol_help.txt 文件或者直接调用帮助信息查看。大家灵活选择使用的选项即可。
生成注释文件
文件准备完成后就需要生成注释文件了,有两种方式生成:一种为linux下命令行运行方式,另一种是在R或Rstudio中运行。
linux下命令行运行:
./table2itol.R --na-strings X --identifier Tip --label Name ann1.tsv ann2.tsv
R或Rstudio中运行:
source("table2itol.R") create_itol_files(infiles = c("ann1.tsv", "ann2.tsv"), identifier = "Tip", label = "Name", na.strings = "X")
"table2itol怎么安装设置"的内容就介绍到这里了,感谢大家的阅读。如果想了解更多行业相关的知识可以关注网站,小编将为大家输出更多高质量的实用文章!
文件
注释
生成
准备
运行
不同
内容
同学
命令
数据
方式
是在
更多
知识
系统
表格
输入
实用
学有所成
接下来
数据库的安全要保护哪些东西
数据库安全各自的含义是什么
生产安全数据库录入
数据库的安全性及管理
数据库安全策略包含哪些
海淀数据库安全审计系统
建立农村房屋安全信息数据库
易用的数据库客户端支持安全管理
连接数据库失败ssl安全错误
数据库的锁怎样保障安全
数据库怎么建一亿个表
删除数据库的字段
应用服务器防病毒攻击实验总结
网络安全意识教育
游戏软件开发老板
新梦境链接r台服服务器已满
软件开发期间如何保密
光明大陆服务器
无线网络安全 杨青
软件开发报价标准
播放记录 数据库设计
网络安全技术大队
安卓用户登录的数据库怎么写
C422服务器配置
数据库文件非排序域
连接数据库php登陆
数据库字段名大写小写
天夏科技世界互联网大会
增城网络安全运维
图像识别软件开发招聘
软件开发相关问卷
色盲学软件开发有影响吗
稳定的郑州直销软件开发
5g网络数据库建设
怎么自己开发一个数据库
哪些数据库的dba好一些
乐生活互联网科技有限公司
mysql访问其他数据库
万全r350服务器 说明书
服务器网络不稳定