docker镜像发布及使用的方法
发表于:2025-02-07 作者:千家信息网编辑
千家信息网最后更新 2025年02月07日,这篇文章主要介绍了docker镜像发布及使用的方法的相关知识,内容详细易懂,操作简单快捷,具有一定借鉴价值,相信大家阅读完这篇docker镜像发布及使用的方法文章都会有所收获,下面我们一起来看看吧。1
千家信息网最后更新 2025年02月07日docker镜像发布及使用的方法
这篇文章主要介绍了docker镜像发布及使用的方法的相关知识,内容详细易懂,操作简单快捷,具有一定借鉴价值,相信大家阅读完这篇docker镜像发布及使用的方法文章都会有所收获,下面我们一起来看看吧。
1)首先系统中安装docker
2)镜像搜索、下载、启动使用方法:
> docker search #搜索组学大讲堂提供的所有镜像NAME DESCRIPTION STARS OFFICIAL AUTOMATED/gene-family gene-family analysis docker image 5 /rnaseq RNA-seq analysis docker image build by omics… 3 /gsds-v2 GSDS 2.0 - Gene Structure Display Server 1 /reseq whole genome resequence analysis 1 /biocontainer-base Biocontainers base Image centos7 1 /blast-plus blast+ v2.9.0 0 /isoseq3 isoseq3 v3.3.0 build by 0 /bwa BWA v0.7.17 build by 0 /blastall legacy blastall v2.2.26 0 /sratoolkit SRAtoolkit v2.10.3 and aspera v3.9.9.177872 0 /ampliseq-q2 Amplicon sequencing qiime2 v2020.2 image 0 /ampliseq-q1 Amplicon sequencing qiime1 v1.9.1 image 0 /samtools samtools v1.10 build by 0 /bsaseq NGS Bulk Segregant Analysis image 0 /gwas gwas analysis images 0 > docker pull /ampliseq-q1 #下载扩增子镜像>docker run --rm -it -m 4G --cpus 1 -v D:\qiime1-16s:/work /ampliseq-q1:latest #启动并进入镜像
安装软件及版本介绍
OTU分析相关软件
qiime1 v1.9.1mothur v.1.25.0usearch 10.0.240usearch71 6.1.544vsearch v2.15.0
序列处理相关分析包
flash v2.15.0 序列合并bioperl biopythonfastqcmultiqcfastp
qiime分析相关的包
blast-2.2.22blat-36cdhit-3.1muscle-3.8.31rdpclassifier-2.2uclust
功能注释相关分析软件
picrust-1.1.4bugbase
数据分析与可视化相关的R包:
ggplot2TernaryDESeq2edgeRggtreeveganpheatmap
高级分析相关包
randomForest 机器学习scikit-learn 机器学习circos 圈图绘制Krona 物种丰度圈图LefSe 差异比较分析
注意:以上软件包的列表只是部分举例,实际安装的包还有更多。
扩增子镜像使用案例
1.数据准备
fastmap.txt文件, 测序数据文件放在data文件夹中,物种注释数据库文件Greengene silva unite等放在database目录,需要这些测试数据的同学可以关注组学大讲堂公众号,并回复16s,即可得到;准备完成之后,目录结构如下:
[root@aefe86d682b1 13:58:49 /work/amplicon_demo]# tree data |-- ERR3975186_1.fastq.gz |-- ERR3975186_2.fastq.gz |-- ERR3975187_1.fastq.gz `-- ERR3975187_2.fastq.gz fastmap.txt
设置一些环境变量方便后续调用:
dbdir=/work/databaseworkdir=/work/amplicon_demodatadir=$workdir/datafastmap=$workdir/fastmap.txtmkdir /work/tmpexport TMPDIR=/work/tmp #防止临时目录存储 不够######################database#各大数据库地址:silva_16S_97_seq=$dbdir/SILVA_132_QIIME_release/rep_set/rep_set_16S_only/97/silva_132_97_16S.fna silva_16S_97_tax=$dbdir/SILVA_132_QIIME_release/taxonomy/16S_only/97/taxonomy_7_levels.txt greengene_16S_97_seq=$dbdir/gg_13_8_otus/rep_set/97_otus.fastagreengene_16S_97_tax=$dbdir/gg_13_8_otus/taxonomy/97_otu_taxonomy.txtsilva_18S_97_seq=$dbdir/SILVA_132_QIIME_release/rep_set/rep_set_18S_only/97/silva_132_97_18S.fna silva_18S_97_tax=$dbdir/SILVA_132_QIIME_release/taxonomy/18S_only/97/taxonomy_7_levels.txt unite_ITS_97_seq=$dbdir/unite_ITS8.2/sh_refs_qiime_ver8_97_04.02.2020.fastaunite_ITS_97_tax=$dbdir/unite_ITS8.2/sh_taxonomy_qiime_ver8_97_04.02.2020.txt
2.合并双端reads,flash
cd $workdir #回到工作目录mkdir 1.merge_pefor i in `cat $fastmap |grep -v '#'|cut -f 1` ;do echo "RUN CMD: flash $datadir/${i}_1.fastq.gz $datadir/${i}_2.fastq.gz \ -m 10 -x 0.2 -p 33 -t 1 \ -o $i -d 1.merge_pe" flash $datadir/${i}_1.fastq.gz $datadir/${i}_2.fastq.gz \ -m 10 -x 0.2 -p 33 -t 1 \ -o $i -d 1.merge_pedone
3.对原始数据进行fastqc质控
cd $workdir #回到工作目录mkdir 2.fastqc#fastqc查看数据质量分布等fastqc -t 2 $workdir/1.merge_pe/*extendedFrags.fastq -o $workdir/2.fastqc#质控结果汇总cd $workdir/2.fastqcmultiqc .
4.数据质控:对原始序列进行去接头,引物,删除低质量的reads等等
cd $workdir #回到工作目录mkdir 3.data_qccd 3.data_qc#利用fastp工具去除adapter#--qualified_quality_phred the quality value that a base is qualified. # Default 15 means phred quality >=Q15 is qualified. (int [=15])#--unqualified_percent_limit how many percents of bases are allowed to be unqualified#--n_base_limit if one read's number of N base is >n_base_limit, # then this read/pair is discarded #--detect_adapter_for_pe 接头序列未知 可设置软件自动识别常见接头#for i in `cat $fastmap |grep -v '#'|cut -f 1`; do echo "RUN CMD: fastp --thread 1 --qualified_quality_phred 10 \ --unqualified_percent_limit 50 \ --n_base_limit 10 \ --length_required 300 \ --trim_front1 29 \ --trim_tail1 18 \ -i $workdir/1.merge_pe/${i}.extendedFrags.fastq \ -o ${i}.clean_tags.fq.gz \ --adapter_fasta $workdir/data/illumina_multiplex.fa -h ${i}.html -j ${i}.json" fastp --thread 1 --qualified_quality_phred 10 \ --unqualified_percent_limit 50 \ --n_base_limit 10 \ --length_required 300 \ --trim_front1 29 \ --trim_tail1 18 \ -i $workdir/1.merge_pe/${i}.extendedFrags.fastq \ -o ${i}.clean_tags.fq.gz \ --detect_adapter_for_pe -h ${i}.html -j ${i}.jsondone
去除嵌合体
cd $workdir #回到工作目录mkdir 4.remove_chimerascd 4.remove_chimeras#去除嵌合体for i in `cat $fastmap |grep -v '#'|cut -f 1`; do #相同重复序列合并 vsearch --derep_fulllength $workdir/3.data_qc/${i}.clean_tags.fq.gz \ --sizeout --output ${i}.derep.fa #去嵌合体 vsearch --uchime3_deno ${i}.derep.fa \ --sizein --sizeout \ --nonchimeras ${i}.denovo.nonchimeras.rep.fa #相同序列还原为多个 vsearch --rereplicate ${i}.denovo.nonchimeras.rep.fa --output ${i}.denovo.nonchimeras.fadone#根据参考序列去除嵌合体for i in `cat $fastmap |grep -v '#'|cut -f 1`; do vsearch --uchime_ref ${i}.denovo.nonchimeras.fa \ --db $dbdir/rdp_gold.fa \ --sizein --sizeout --fasta_width 0 \ --nonchimeras ${i}.ref.nonchimeras.fadone
qiime1分析pick otu 聚类方法
cd $workdir #回到工作目录mkdir 5.pick_otu_qiimecd 5.pick_otu_qiime#合并fasta文件,并加序列号for i in `cat $fastmap |grep -v '#'|cut -f 1`; do rename_fa_id.pl -f $workdir/4.remove_chimeras/$i.ref.nonchimeras.fa \ -n $i -out $i.fadone#合并fa文件到qiime.fasta 之后删除所有单个样本的fa文件cat *fa >qiime.fastarm -f *fa###方法1:pick_de_novo_otus.py###输出qiime pick otu 参数,更多:http://qiime.org/scripts/pick_otus.htmlecho pick_otus:denovo_otu_id_prefix OTU >> otu_params_de_novo.txtecho pick_otus:similarity 0.97 >> otu_params_de_novo.txtecho pick_otus:otu_picking_method uclust >> otu_params_de_novo.txt #sortmerna, mothur, trie, uclust_ref, usearch, usearch_ref, blast, usearch71, usearch71_ref,sumaclust, swarm, prefix_suffix, cdhit, uclust.echo assign_taxonomy:reference_seqs_fp $silva_16S_97_seq >> otu_params_de_novo.txtecho assign_taxonomy:id_to_taxonomy_fp $silva_16S_97_tax >> otu_params_de_novo.txtecho assign_taxonomy:similarity 0.8 >>otu_params_de_novo.txtecho assign_taxonomy:assignment_method uclust >>otu_params_de_novo.txt # rdp, blast,rtax, mothur, uclust, sortmerna如果是ITS/18S数据,建议数据库更改为UNITE,方法改为blast。详细使用说明,请读官方文档:http://qiime.org/scripts/assign_taxonomy.htmlpick_de_novo_otus.py -i qiime.fasta -f -o pick_de_novo_otus -p otu_params_de_novo.txt
alpha_diversity 分析
cd $workdir #回到工作目录mkdir 8.alpha_diversitycd 8.alpha_diversity#alpha多样性指数展示biom summarize-table -i $workdir/5.pick_otu_qiime/pick_de_novo_otus/otu_table_clean_rare.biomecho alpha_diversity:metrics observed_species,PD_whole_tree,shannon,chao1,simpson,goods_coverage > alpha_params.txtalpha_rarefaction.py -f -i $workdir/5.pick_otu_qiime/pick_de_novo_otus/otu_table_clean.biom -m $fastmap -o ./ -p alpha_params.txt -t $workdir/5.pick_otu_qiime/pick_de_novo_otus/rep_set.tre --retain_intermediate_files --min_rare_depth 40 --max_rare_depth 2032 --num_steps 10#多样性指数差异比较qiime 自带检验与绘图compare_alpha_diversity.py \ -i alpha_div_collated/chao1.txt \ -o alpha_chao1_stats \ -m $fastmap \ -t nonparametric \ -c citycompare_alpha_diversity.py \ -i alpha_div_collated/chao1.txt \ -o alpha_chao1_stats \ -m $fastmap \ -t parametric \ -c city
beta_diversity 分析
cd $workdir #回到工作目录mkdir 9.beta_diversitycd 9.beta_diversityecho beta_diversity:metrics binary_jaccard,bray_curtis,unweighted_unifrac,weighted_unifrac,binary_euclidean > beta_params.txt#-e 设置抽平数beta_diversity_through_plots.py -f -i $workdir/5.pick_otu_qiime/pick_de_novo_otus/otu_table_clean.biom -m $fastmap -o ./ -t $workdir/5.pick_otu_qiime/pick_de_novo_otus/rep_set.tre -e 2844 -p beta_params.txt#beta多样性adonis检验compare_categories.py --method adonis -i unweighted_unifrac_dm.txt -m $fastmap -c Treatment -o adonis_out -n 999
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