vcftools过滤如何指定缺失率的变异位点
发表于:2024-09-21 作者:千家信息网编辑
千家信息网最后更新 2024年09月21日,这篇文章主要介绍"vcftools过滤如何指定缺失率的变异位点",在日常操作中,相信很多人在vcftools过滤如何指定缺失率的变异位点问题上存在疑惑,小编查阅了各式资料,整理出简单好用的操作方法,希
千家信息网最后更新 2024年09月21日vcftools过滤如何指定缺失率的变异位点
这篇文章主要介绍"vcftools过滤如何指定缺失率的变异位点",在日常操作中,相信很多人在vcftools过滤如何指定缺失率的变异位点问题上存在疑惑,小编查阅了各式资料,整理出简单好用的操作方法,希望对大家解答"vcftools过滤如何指定缺失率的变异位点"的疑惑有所帮助!接下来,请跟着小编一起来学习吧!
vcf 文件中很多snp在某些样品中是缺失的,也就是基因型为 "./." 。如果缺失率较高,这种snp位点在很多分析中是不能用的,需要去掉。这时候就可以使用vcftools进行过滤。用到的选项为--max-missing 。
具体用法如下:
运行以下命令:
vcftools --vcf snp.vcf --recode --recode-INFO-all --stdout --max-missing 1 > snp.new.vcf
--max-missing 后跟的值为 0-1 ,1代表不允许缺失,0代表允许全部缺失
最后,得到的vcf文件中snp位点都是没有缺失的。
到此,关于"vcftools过滤如何指定缺失率的变异位点"的学习就结束了,希望能够解决大家的疑惑。理论与实践的搭配能更好的帮助大家学习,快去试试吧!若想继续学习更多相关知识,请继续关注网站,小编会继续努力为大家带来更多实用的文章!
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