如何采用plink挑选tagSNPs
本篇文章给大家分享的是有关如何采用plink挑选tagSNPs，小编觉得挺实用的，因此分享给大家学习，希望大家阅读完这篇文章后可以有所收获，话不多说，跟着小编一起来看看吧。
tagSNPs叫做标签SNP, 用来代表一组高度连锁不平衡的SNP位点。对于一组高度连锁不平衡的SNP位点而言，在遗传时这些位点往往同时遗传，其包含的信息是冗余的，只需要选取其中几个SNP位点作为代表即可，这个选出来的代表位点就叫做tagSNPs, 而这些一起遗传的高度连锁不平衡的SNP位点构成了haplotype。简而言之，tagSNP可以代表单倍型中所有的SNP位点。
tagSNPs在关联分析中具有重要作用，大大减少了分析的工作量，由于tagSNP可以代表一组SNP位点，所以只需要分析tagSNP就可以了，不必对所有的SNP位点都进行分析。
plink 软件可以用于识别tagSNPs。由于tagSNPs是建立在haplotype的基础上的，所以首先需要识别haplotype block。命令如下
plink --bfile mydata --blocks
这条命令会产生两个文件，plink.blocks 和 plink.blocks.det 。
plink.blocks 内容如下
* rs7527871 rs2840528 rs7545940* rs2296442 rs2246732* rs10752728 rs897635* rs10489588 rs9661525 rs2993510
每一行以*开头，代表一个haplotype block,后面是属于这个haplotype的所有SNP位点。
plink.blocks.det 内容如下
CHR BP1 BP2 KB NSNPS SNPS1 2313888 2331789 17.902 3 rs7527871|rs2840528|rs75459401 2462779 2482556 19.778 2 rs2296442|rs22467321 2867411 2869431 2.021 2 rs10752728|rs8976351 2974991 2979823 4.833 3 rs10489588|rs9661525|rs2993510
CHR表示染色体，BP1和BP2分别表示haplotype block的起始和终止位置；KB表示haplotype block的长度；NSNPS表示haplotype block中的SNP位点个数;SNPS表示属于这个haplotype的所有SNP位点。
基于haplotype的结果，我们就可以去分析某个haplotype block中的tagSNPs位点了，用法如下
plink --bfile mydata --show-tags mysnps.txt
mysnps.txt 文件中每一行是一个SNP位点，示例如下
rs7527871rs2840528rs7545940
plink只会对mysnps.txt文件指定的一组SNP位点挑选tagSNPs。这一步会生成两个文件，plink.list和plink.tags.list。
plinks.list和mysnps.txt文件内容类似，只不过在其基础上新增了tagSNP位点的ID。plink.tags.list文件内容如下
SNP CHR BP NTAG LEFT RIGHT KBSPAN TAGSrs2542334 22 16694612 2 16693517 16695440 1.923 rs415170|rs2587108
第一列的SNP位点就是tagSNP, 最后一列是该tagSNP代表的snp位点的集合。
以上就是如何采用plink挑选tagSNPs，小编相信有部分知识点可能是我们日常工作会见到或用到的。希望你能通过这篇文章学到更多知识。更多详情敬请关注行业资讯频道。
