如何利用qiime2对barcode信息拆分数据

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首先准备sample-metadata.tsv文件，样本的barcode 文件信息，这里以双端测序为例：

sample-id       forward-barcodes        reverse-barcodesLin027  GATCTGCA        CTACGATGLin028  GATCTGCA        GACATAGCLin029  GATCTGCA        GATCTGCALin032  GATCTGCA        GCGTATGALin033  GATCTGCA        GTATGCGA

准备测序数据，没有拆分的双端数据放到一个目录：muxed-pe-barcode-in-seq，分别命名为：forward.fastq.gz reverse.fastq.gz

数据导入：

qiime tools import   --type MultiplexedPairedEndBarcodeInSequence   \    --input-path muxed-pe-barcode-in-seq   \    --output-path multiplexed-seqs.qza

利用qiime cutadapt 插件拆分数据：

qiime cutadapt demux-paired --i-seqs multiplexed-seqs.qza \    --m-forward-barcodes-file sample-metadata.tsv \    --m-forward-barcodes-column forward-barcodes \    --m-reverse-barcodes-file sample-metadata.tsv \    --m-reverse-barcodes-column reverse-barcodes \    --o-per-sample-sequences per_sample_sequences.qza   \    --o-untrimmed-sequences untrimmed_sequences.qza

per_sample_sequences.qza 这个文件是拆分好的数据，并且已经去掉了barcode序列。

如果想去除引物可以使用：

    qiime cutadapt trim-paired \        --i-demultiplexed-sequences per_sample_sequences.qza \        --p-cores 4 \        --p-no-indels \        --p-front-f ACTCCTACGGGAGGCAGCAG \        --p-front-r GGACTACHVGGGTWTCTAAT  \        --o-trimmed-sequences primer-trimmed-demux.qza

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