unibind数据库有什么用
发表于:2024-09-30 作者:千家信息网编辑
千家信息网最后更新 2024年09月30日,这篇文章主要介绍unibind数据库有什么用,文中介绍的非常详细,具有一定的参考价值,感兴趣的小伙伴们一定要看完!unibind采用了ChIP-eat这个工具对ReMap数据库中转录因子的chip_s
千家信息网最后更新 2024年09月30日unibind数据库有什么用
这篇文章主要介绍unibind数据库有什么用,文中介绍的非常详细,具有一定的参考价值,感兴趣的小伙伴们一定要看完!
unibind采用了ChIP-eat这个工具对ReMap数据库中转录因子的chip_seq数据进行分析,对于来自JASPAR数据库中的人类转录因子,通过结合chip_seq数据的分析结果和转录因子的PWM等模型来准确预测转录因子结合位点,该数据库网址如下
https://unibind.uio.no/
数据分析的流程如下图所示
该数据库对来自315个不同组织和细胞系,231种转录因子,共1983个chip_seq原始数据进行分析,与hg38基因组进行比对,通过peak calling识别到peak区域,再进一步结合PWM, DNA shape model, TFFM, Bingding Energy model4种模型在peak区间的基础上进一步预测转录因子结合位点。
通过首页的检索框,可以根据各种关键词进行检索
检索结果如下所示
点击每个数据集可以查看详细结果,示意如下
在该页面,可以下载peak区间,也可以下载TFBS的bed文件和fasta文件。TFBS的bed
格式内容如下
JASPAR数据库只提供了转录因子的motif信息,unibind则在此基础上提供了TFBS的信息,可以看作是对JASPAR数据库的一个补充,对于转录因子研究而言,TFBS信息非常的重要,对于研究转录因子调控的靶基因意义重大,所以该数据库非常的实用。
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