perl如何提取进化树中基因的顺序

小编给大家分享一下perl如何提取进化树中基因的顺序，相信大部分人都还不怎么了解，因此分享这篇文章给大家参考一下，希望大家阅读完这篇文章后大有收获，下面让我们一起去了解一下吧！

提取进化树中基因的顺序

进化树中基因是有顺序的，有些时候我们会需要用到这个基因列表，如果，手动来做就会比较麻烦。哪有什么快速的方法吗？

其实有的，进化树的nwk文件中就有基因的顺序：如下：

(chicken,((mouse,rat),(chimp,human)));

能够发现图中枝的顺序就是nwk文件中的顺序，这样我们只需要提取这个顺序即可。这里我写了一个脚本，如下：

用法：

perl  nwk_geneid.pl  -i in.nwk  -o out.txt

in.nwk 为输入的nwk文件，out.txt是输出的基因ID文件。

脚本代码；

use Getopt::Long;use strict;my %opts;GetOptions(\%opts,"i=s","o=s","h");open(IN,"$opts{i}") || die "open $opts{i} failed\n";open(OUT,">$opts{o}") ||die "open $opts{o} failed\n";while(){chomp;my $str = $_;$str =~ s/\d\.\d+//g;$str =~ s/\(//g;$str =~ s/\)//g;$str =~ s/://g;$str =~ s/;//g;my @line = split(",",$str);print OUT join("\n",@line);}close(IN);close(OUT);

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