如何实现cytoscape-cytoHubba插件的安装与使用

这篇文章将为大家详细讲解有关如何实现cytoscape-cytoHubba插件的安装与使用，文章内容质量较高，因此小编分享给大家做个参考，希望大家阅读完这篇文章后对相关知识有一定的了解。

cytoscape-cytoHubba插件的安装与使用

一、cytoHubba插件

1.利用cytoHubba插件通过拓扑网络算法给每个基因赋值，排序挖掘关键基因(hub gene)和子网络

• 
  

• Degree

• Edge Percolated component

• Maximum neighborhood component

• Density of Maximum Neighborhood Component

• Maximal Clique Centrality

• six centralities(Botteleneck,EcCentricity,Closeness,Radiality,Betweenness, Stress)

• cytoHubba根据nodes在网络中的属性进行排名。它提供了11种拓扑分析方法，包括:

2.插件下载与安装

在cytoscape App Store（链接：Cytoscape App Store）中搜索cytoHubba插件，进行download

点击Apps-App Manager，点击install from file

找到cytoHubba的存放路径，打开之后就安装好了

3.cytoHubba插件使用

打开cytoscape导入网络之后，在Apps点击cytoHubba

1、首先选择左边的cytoHubba进入工作页面

2、选target network择待分析的网络

3、点击calculate

4、点击Top，可根据自身课题需要，调整提取关键基因的数量

5、下方Closeness可下拉选择计算方法

6、Particular nodes：选择感兴趣的基因进行分析（一般是对整个网络分析的话，此项可以忽略）

5、点击左下方：显示最短的路径；显示出hub gene连接到的第一个节点；显示出最长的子网络）

6、右边的列表就显示关键基因的排名：颜色越深，证明分数越高，越显著

关于如何实现cytoscape-cytoHubba插件的安装与使用就分享到这里了，希望以上内容可以对大家有一定的帮助，可以学到更多知识。如果觉得文章不错，可以把它分享出去让更多的人看到。