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怎么用R语言ggplot2画气泡图来展示基因表达量

发表于:2024-09-23 作者:千家信息网编辑
千家信息网最后更新 2024年09月23日,怎么用R语言ggplot2画气泡图来展示基因表达量,相信很多没有经验的人对此束手无策,为此本文总结了问题出现的原因和解决方法,通过这篇文章希望你能解决这个问题。image.png今天重复的内容是论文中
千家信息网最后更新 2024年09月23日怎么用R语言ggplot2画气泡图来展示基因表达量

怎么用R语言ggplot2画气泡图来展示基因表达量,相信很多没有经验的人对此束手无策,为此本文总结了问题出现的原因和解决方法,通过这篇文章希望你能解决这个问题。

image.png

今天重复的内容是论文中的figure2f

image.png

今天的推文主要介绍其中的气泡图,明天的推文介绍如何向气泡图上叠加树形图

按照论文提供的代码得到了画图用到的数据,部分数据如下

image.png

但是用他提供的画图代码没有能够画出图来。因为他用到了一个dot_plot()函数,没有找到这个函数是怎么来的。既然已经拿到了数据,就用ggplot2自己来画吧

读入数据
data.final<-read.csv("NM/figure2f.csv",header=T)
head(data.final)
image.png
基本的散点图
ggplot(data.final,aes(x=features.plot,y=id))+
geom_point()
image.png
用Average expression映射颜色,用Percent expressed映射点的大小
ggplot(data.final,aes(x=features.plot,y=id))+
geom_point(aes(size=`Percent expressed`,
color=`Average expression`))
image.png
接下来是设置主题的一些内容

包括

  • 去掉灰色背景
  • 调整坐标轴字体方向
  • 去掉坐标轴标题
  • 更改配色
ggplot(data.final,aes(x=features.plot,y=id))+
geom_point(aes(size=`Percent expressed`,
color=`Average expression`))+
theme_bw()+
theme(panel.grid = element_blank(),
axis.text.x=element_text(angle=90,hjust = 1,vjust=0.5))+
scale_color_gradient(low="lightgrey",high="blue")+
labs(x=NULL,y=NULL)


看完上述内容,你们掌握怎么用R语言ggplot2画气泡图来展示基因表达量的方法了吗?如果还想学到更多技能或想了解更多相关内容,欢迎关注行业资讯频道,感谢各位的阅读!

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