R语言的enrichKEGG_pip.r如何使用
发表于:2024-10-18 作者:千家信息网编辑
千家信息网最后更新 2024年10月18日,本文小编为大家详细介绍"R语言的enrichKEGG_pip.r如何使用",内容详细,步骤清晰,细节处理妥当,希望这篇"R语言的enrichKEGG_pip.r如何使用"文章能帮助大家解决疑惑,下面跟
千家信息网最后更新 2024年10月18日R语言的enrichKEGG_pip.r如何使用
本文小编为大家详细介绍"R语言的enrichKEGG_pip.r如何使用",内容详细,步骤清晰,细节处理妥当,希望这篇"R语言的enrichKEGG_pip.r如何使用"文章能帮助大家解决疑惑,下面跟着小编的思路慢慢深入,一起来学习新知识吧。
enrichKEGG_pip.r KEGG 富集分析
使用说明:
$Rscript $scriptdir/enrichKEGG_pip.r -husage: /work/my_stad_immu/scripts/enrichKEGG_pip.r [-h] -g gene.list [-d ann.db] [-t idtype] [-s show.type] [-O organism] [-p pvalueCutoff] [-q qvalueCutoff] [-c showCategory] [-n prefix] [-o outdir] [-H height] [-W width]KEGG enrich analysis : https://www..com/article/1503optional arguments: -h, --help show this help message and exit -g gene.list, --gene.list gene.list diff expressed gene list file, required -d ann.db, --ann.db ann.db org.Hs.eg.db or org.Mm.eg.db ,for more info visit: https://www..com/article/1244 [optional, default: org.Hs.eg.db ] -t idtype, --idtype idtype deg gene id type: ENSEMBL SYMBOL ENTREZID GENENAME [optional, default: SYMBOL ] -s show.type, --show.type show.type set example ID type name [optional, default: ENTREZID ] -O organism, --organism organism organism ,for more info visit: https://www..com/article/787 [optional, default: hsa ] -p pvalueCutoff, --pvalueCutoff pvalueCutoff pvalue cutoff on enrichment tests to report, [optional, default: 0.05 ] -q qvalueCutoff, --qvalueCutoff qvalueCutoff qvalue cutoff on enrichment tests to report as significant. Tests must pass i) pvalueCutoff on unadjusted pvalues, ii) pvalueCutoff on adjusted pvalues and iii) qvalueCutoff on qvalues to be reported., [optional, default: 0.2 ] -c showCategory, --showCategory showCategory how many KEGG Category to show, [optional, default: 10 ] -n prefix, --prefix prefix the output file prefix [optional, default: KEGG ] -o outdir, --outdir outdir output file directory [default cwd] -H height, --height height the height of pic inches [default 5] -W width, --width width the width of pic inches [default 7]
参数说明:
-g 输入基因列表文件: 脚本会读取第一列基因ID作为基因集:
-d 物种注释数据库: 人的:org.Hs.eg.db
-t 指定输入基因列表的ID类型
使用举例:
Rscript $scriptdir/enrichKEGG_pip.r --gene.list $workdir/04.deg/S1_vs_S2.DEG.final.tsv \ -o KEGG -n S1_vs_S2 --pvalueCutoff 0.01 --ann.db org.Hs.eg.db --organism hsa \ --idtype SYMBOL
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