R语言方差分解实例分析
发表于:2024-11-13 作者:千家信息网编辑
千家信息网最后更新 2024年11月13日,本文小编为大家详细介绍"R语言方差分解实例分析",内容详细,步骤清晰,细节处理妥当,希望这篇"R语言方差分解实例分析"文章能帮助大家解决疑惑,下面跟着小编的思路慢慢深入,一起来学习新知识吧。方差分解分
千家信息网最后更新 2024年11月13日R语言方差分解实例分析
本文小编为大家详细介绍"R语言方差分解实例分析",内容详细,步骤清晰,细节处理妥当,希望这篇"R语言方差分解实例分析"文章能帮助大家解决疑惑,下面跟着小编的思路慢慢深入,一起来学习新知识吧。
方差分解分析(Variance Partitioning Analysis)
确定最佳环境因子组合之后,进行分解分析,
#P+Hb+eGFRvpa <- varpart(otu, env['P'], env[c('Hb')],env[c('eGFR')],chisquare = FALSE)vpaplot(vpa, digits = 2, Xnames = c('P', 'Hb',"eGFR"), bg = c('blue', 'red',"orange"))
参数 chisquare = TRUE,执行 CCA 的变差分解;默认情况下 chisquare = FALSE,即执行 RDA 的变差分解
注:如果 varpart() 不支持 CCA,请更新 R 版本(如 R3.6 的 vegan)
分成两组(DOC 为一组,AP 和 AK为另一组)环境变量
cca_vp <- varpart(otu, env['DOC'], env[c('AP', 'AK')], chisquare = TRUE)
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