如何使用evolview美化进化树

这篇文章主要介绍了如何使用evolview美化进化树的相关知识，内容详细易懂，操作简单快捷，具有一定借鉴价值，相信大家阅读完这篇如何使用evolview美化进化树文章都会有所收获，下面我们一起来看看吧。

1.evolview地址及使用

进化树美化，要求使用以下浏览器打开，不支持IE浏览器和360浏览器

2 进化树美化

2.1 进化树分支添加颜色

然后在配置文件里面输入，需要添加颜色的分组信息，如下：

AT2G04880.1,AT2G30250.1 blue adAT4G01250.1,AT4G31550.1 red adAT4G39410.1,AT5G49520.1 yellow ad

第一列为，从一个基因到另一个基因之间，表示范围；第二列，为设置颜色，最后一列 ad表示为所有枝设置颜色；列和列之间注意用tab分隔开；

2.2 进化树设置分支label的颜色等

这是设置的配置文件内容如下 ，与分支颜色设置相似，也支持单独基因设置颜色（最后一行）；点击红色箭头处，然后将以下内容粘贴上去：官方配置说明

AT4G31550.1,AT4G01250.1 red adAT2G30250.1,AT2G04880.1 blue adAT1G80840.1 yellow

2.3 进化树设置分支label的背景颜色设置

可点击上图图红框框处查看官方详细配置说明；配置文件如下：官方说明

AT4G01720.1,AT1G55600.1 red adAT2G40740.1,AT4G23810.1 green ad

2.4 进化树添加星号标签

设置参数如下，第一列为基因的ID,后面为设置形状以及颜色，上图图红框框处查看官方详细配置说明。详细说明见官方文档。

AT4G01250.1 triangle,red:redAT3G58710.1 triangle,red:redAT1G29280.1 triangle,red:redAT2G34830.1 triangle,red:redAT1G30650.1 triangle,red:redAT5G52830.1 triangle,red:redAT4G23550.1 triangle,red:redAT2G21900.1 triangle,red:redAT5G45050.1 triangle,red:redAT2G30590.1 triangle,red:redAT2G24570.1 triangle,red:redAT3G04670.1 triangle,red:redAT2G23320.1 triangle,red:redAT5G28650.1 triangle,red:redAT4G24240.1 triangle,red:redAT4G31550.1 triangle,red:redAT2G04880.1 star,blue:blueAT5G56270.1 star,blue:blueAT4G26440.1 star,blue:blueAT3G01080.1 star,blue:blueAT4G12020.1 star,blue:blueAT2G03340.1 star,blue:blueAT4G26640.1 star,blue:blueAT1G13960.1 star,blue:blueAT2G37260.1 star,blue:blueAT2G38470.1 star,blue:blueAT5G07100.1 star,blue:blueAT2G30250.1 star,blue:blue

2.5 进化树分组圆环

添加分组圆环，设置按钮如下：

设置文件说明，官方详细说明：DatasetGroupLabel.md：

!grouplabelcolor=black,fontsize=14,fontcolor=black,linewidth=2AT4G01250.1,AT4G31550.1 text=group1,fontcolor=red,linewidth=4AT4G39410.1,AT5G49520.1 text=group2,linecolor=darkgrey,fontcolor=purple,linestyle=dashedAT5G01900.1,AT1G66560.1 text=group3,color=darkgreen,textorientation=vertical,linewidth=4,fontsize=16

说明如下，带！号的行为全局变量，也就是默认设置参数；其他第一列用，号隔开表示范围，空格之后为各种group分组圆环的显示方式：text为分组名称，fontcolor为字体颜色，linewidth圆环粗细，textorientation控制分组名称对齐样式。

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