lncRNA与miRNA相互作用数据库LncBase怎么用

本篇文章为大家展示了lncRNA与miRNA相互作用数据库LncBase怎么用，内容简明扼要并且容易理解，绝对能使你眼前一亮，通过这篇文章的详细介绍希望你能有所收获。

有非常多的文献报导指出，lncRNA可以作为miRNA sponge， 从而与miRNA发生相互作用。LncBase是一个专门记录lncRNA与miRNA相互作用的数据库，最新版本为v2, 网址如下

http://carolina.imis.athena-innovation.gr/diana_tools/web/index.php?r=lncbasev2%2Findex

分成实验证据支持和软件预测两部分结果，示意如下

实验证据支持的相互作用数据，主要是从文献中整理得到的结果，包括了qPCR, northern blot, reporter assay, CLIP-seq等检测方法，软件预测是通过DIANA-microT这个软件来实现的。其中软件预测的lncRNA与miRNA相互作用数据是可以免费下载的，实验证据支持的数据需要向开发团队申请才可以。

以实验证据支持的相互作用数据为例，在检索框输入miRNA和lncRNA的名字，可以检索二者之间是否存在相互作用

检索结果示意如下

点击右边的下拉按钮，可以查看详细信息。首先是lncRNA和miRNA的基本信息，示意如下

其次是相关的文献，示意如下

不仅给出了文献的链接，还给出了样本的组织类型，细胞系信息，可以根据这些信息对结果筛选，从而避免组织特异性的问题。点击每篇文献右边的下拉菜单， 可以查看具体的lncRNA与miRNA相互作用区域信息，示意如下

给出了互作区域的染色体位置和对应的基因组区域，还有检测的方法。

当检索结果很多需要过滤时，可以通过页面左侧的菜单进行筛选，示意如下

通过这个数据库，我们可以查询到lncRNA与miRNA之间的相互作用信息，但是在线检索一次只能检索几个lncRNA或者miRNA, 同时需要注意lncRNA id的格式，只支持refseq Id,ensembl id和human body map项目中给出的lncRNA id。

上述内容就是lncRNA与miRNA相互作用数据库LncBase怎么用，你们学到知识或技能了吗？如果还想学到更多技能或者丰富自己的知识储备，欢迎关注行业资讯频道。