r语言中如何使用ggplot2绘制气泡图

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Pathway富集结果常用气泡图来显示，其基本代码如下：

案例数据：

> dat     ko_id                                Kegg_pathway Rich_factor       Pvalue DEGs1  ko00195                              Photosynthesis    3.543363 1.000000e-15    52  ko00196           Photosynthesis - antenna proteins    5.575221 1.500000e-10    63  ko03008           Ribosome biogenesis in eukaryotes    2.464696 4.920000e-06    74  ko00710 Carbon fixation in photosynthetic organisms    2.567654 4.510000e-05    95  ko01200                           Carbon metabolism    1.738592 7.350000e-05   116  ko03030                             DNA replication    2.453097 1.772599e-03   147  ko00030                   Pentose phosphate pathway    2.397575 1.772599e-03   128  ko00860        Porphyrin and chlorophyll metabolism    2.574238 1.772599e-03   149  ko00062                       Fatty acid elongation    2.857551 2.316650e-03   1810 ko00630     Glyoxylate and dicarboxylate metabolism    2.129425 5.299956e-03   1911 ko00230                           Purine metabolism    1.671398 5.299956e-03    4

绘图常利用geom_point几何对象函数实现气泡图绘制过程，同时实现坐标轴翻转

注意显著性大小-log10(Pvalue）映射到的点颜色上、差异基因数映射到点大小上。

kegg_point=ggplot(dat,aes(x=Kegg_pathway,y=Rich_factor))+  geom_point(aes(color=-log10(Pvalue),size=DEGs),alpha=0.8)+  coord_flip()+  scale_color_gradient(low = "green",high = "red")kegg_point

不过需要注意的是在部分情况下，对应的DEGs数量较小，自动匹配的点的大小较小，在图片上难以显示明显，可以利用scale_size_continuous(range)参数控制，

譬如：

kegg_point=kegg_point+scale_size_continuous(range=c(4,10))kegg_point

size对应的range参数可以有效控制点大小的范围。

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