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如何使用R语言的ggtree给进化树添加图片注释

发表于：2024-11-11 作者：千家信息网编辑

千家信息网最后更新 2024年11月11日，如何使用R语言的ggtree给进化树添加图片注释，针对这个问题，这篇文章详细介绍了相对应的分析和解答，希望可以帮助更多想解决这个问题的小伙伴找到更简单易行的方法。看到朋友圈有人转发的推文 Nature

千家信息网最后更新 2024年11月11日如何使用R语言的ggtree给进化树添加图片注释

如何使用R语言的ggtree给进化树添加图片注释，针对这个问题，这篇文章详细介绍了相对应的分析和解答，希望可以帮助更多想解决这个问题的小伙伴找到更简单易行的方法。

看到朋友圈有人转发的推文 Nature|重大发现！人类的近亲肺鱼基因组被解析，点进去看到里面有一张进化树的图

image.png

正好自己最近在学习R语言的ggtree，之前也在ggtree的帮助文档看到过类似的图片，所以决定重复一下

首先是将右侧的动物图片截图保存好

用拉丁名来命名，属和种之间用下划线分隔

image.png

接下来是模拟一个进化树文件

(((((((Anolis_carolinensis:0.4,Gallus_gallus:0.32)94:0.4,Homo_sapiens:0.3)95:0.4,(Ambystoma_mexicanum:0.4,Xenopus_laevis:0.41)93:0.6)90:0.41,Neoceratodus_forsteri:0.3)80:0.3,Latimeria_chalumnae:0.6)99:0.3,(Danio_rerio:0.3,Lepisosteus_oculatus:0.4)95:0.5)100:0.4,Callorhinchus_milii:0.3);

最基本的进化树展示

加载用到的包

library(stringr)
library(ggtree)
library(treeio)

读入进化树

tree1<-read.tree("Nature/Nature_tree_1.nwk")

展示

ggtree(tree1)+
  geom_tiplab()+
  xlim(NA,4.5)

接下来简单美化

去掉拉丁名中的下划线
拉丁名改为斜体
加粗线

ggtree(tree1,size=2)+
  geom_tiplab(aes(label=str_replace(label,"_"," ")),
              offset = 0.05,
              font="italic")+
  xlim(NA,4.5)

最后就是添加图片了

ggtree(tree1,size=2)+
  geom_tiplab(aes(label=str_replace(label,"_"," ")),
              offset = 0.05,
              font="italic")+
  xlim(NA,4.5)+
  geom_tiplab(aes(image=paste0("Nature/",label,".png")),
              geom = "image",size=0.2,offset = 1.25)