R语言的lasso_cox.r lasso_cox怎么用
发表于:2024-10-18 作者:千家信息网编辑
千家信息网最后更新 2024年10月18日,这篇文章主要讲解了"R语言的lasso_cox.r lasso_cox怎么用",文中的讲解内容简单清晰,易于学习与理解,下面请大家跟着小编的思路慢慢深入,一起来研究和学习"R语言的lasso_cox.
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lasso_cox.r lasso_cox 模型优化分析
使用说明:
Rscript $scriptdir/lasso_cox.r -h usage: /work/my_stad_immu/scripts/lasso_cox.r [-h] -i data -t time -e event -v variate [variate ...] [-s seed] [-l lambda] [-P predict.time] [-o outdir] [-p prefix]lasso cox regression analysisoptional arguments: -h, --help show this help message and exit -i data, --data data input data file path[required] -t time, --time time set suvival time column name [required] -e event, --event event set event column name [required] -v variate [variate ...], --variate variate [variate ...] variate for cox analysis [required] -s seed, --seed seed set random seed [default 2021] -l lambda, --lambda lambda set lambda cut off [default NULL] -P predict.time, --predict.time predict.time Time point of the ROC curve to select cutoff [default 365 1095 1825] -o outdir, --outdir outdir output file directory [default cwd] -p prefix, --prefix prefix out file name prefix [default lasso_cox]
使用举例:
Rscript $scriptdir/lasso_cox.r -i imm.unicox.metadata-exp.tsv -e EVENT -t TIME \ -v SYT12 CDH2 GPNMB TMIGD3 LINC01094 SLC22A20P IGHV4-61 IGHV2-5 SERPINA5 MS4A4A FAM83A IGLV3-9 STARD3 -o lasso
参数说明:
-i 输入生存数据与基因表达文件
barcode | TIME | EVENT | FGR | CD38 | ITGAL | CX3CL1 | CEACAM21 | MATK | CD79B | MMP25 |
TCGA-B7-A5TK-01A-12R-A36D-31 | 288 | 0 | 16.34408 | 86.86772 | 40.26903 | 603.0132 | 1.868536 | 2.28342 | 3.453198 | 13.72829 |
TCGA-BR-7959-01A-11R-2343-13 | 1010 | 0 | 11.96739 | 15.79451 | 7.358566 | 26.91353 | 2.571917 | 0.864116 | 1.879957 | 3.451148 |
TCGA-IN-8462-01A-11R-2343-13 | 572 | 0 | 5.350846 | 3.111342 | 3.769125 | 20.22238 | 0.610839 | 0.519776 | 2.822192 | 1.106563 |
TCGA-CG-4443-01A-01R-1157-13 | 912 | 0 | 1.53802 | 0.862955 | 2.37351 | 19.04097 | 1.092127 | 0.760348 | 1.926592 | 0.878735 |
TCGA-KB-A93J-01A-11R-A39E-31 | 1124 | 0 | 15.24016 | 13.3047 | 38.08591 | 14.15295 | 3.483559 | 3.192951 | 3.651742 | 10.43186 |
TCGA-HU-A4H3-01A-21R-A251-31 | 882 | 0 | 6.261761 | 2.675173 | 7.025886 | 4.050271 | 0.584159 | 1.039336 | 1.979214 | 2.312993 |
TCGA-RD-A8MV-01A-11R-A36D-31 | 3720 | 0 | 27.07415 | 20.15885 | 34.91309 | 34.71821 | 4.113112 | 2.615557 | 16.51946 | 17.72674 |
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