怎么对TCGA数据单因素cox生存分析
发表于:2024-10-03 作者:千家信息网编辑
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千家信息网最后更新 2024年10月03日怎么对TCGA数据单因素cox生存分析
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针对TCGA 下载下来的lncRNA, miRNA的表达矩阵,结合临床信息,可以进行生存分析。
# 表达信息和生存数据整合到 exprSet, 如下: bcr_patient_barcode time status LINC01587 XXbac_B461K10.41 TCGA-2W-A8YY 148 0 3.981761 23.890572 TCGA-4J-AA1J 226 0 37.491171 19.638233 TCGA-BI-A0VR 1505 0 10.891560 3.630524 TCGA-BI-A0VS 925 0 3.877719 19.388595 TCGA-BI-A20A 72 0 16.789319 12.210416 TCGA-C5-A0TN 348 1 7.835572 28.73043# 构建生存数据表mysurv <- Surv(exprSet$time, exprSet$status)# 单因素cox 分析函数Unicox <- function(x){ fml <- as.formula(paste0('mysurv~', x)) gcox <- coxph(fml, exprSet) cox_sum <- summary(gcox) HR <- round(cox_sum$coefficients[,2],2) PValue <- round(cox_sum$coefficients[,5],4) CI <- paste0(round(cox_sum$conf.int[,3:4],2),collapse='-') Uni_cox <- data.frame('Characteristics' = x, 'Hazard Ratio' = HR, 'CI95' = CI, 'P value' = PValue) return(Uni_cox)}# 计算每一个单因素,比如hsa_let_7a_1Unicox('hsa_let_7a_1')# 批量计算单因素VarNames <- gene_namesUnivar <- lapply(VarNames, Unicox)# 将单因素的结果汇总Univar <- ldply(Univar, data.frame)
整理的结果如下:
Characteristics Hazard.Ratio CI95 P.value1 LINC01587 1.00 0.99-1.01 0.67712 XXbac_B461K10.4 1.01 1-1.03 0.03803 IGF2_AS 1.00 1-1.01 0.40474 TPTEP1 1.00 1-1 0.32805 DLEU2L 1.00 0.99-1.01 0.98646 RP11_268J15.5 1.00 1-1 0.0736
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