R语言的enrichGO_pip.r如何使用
发表于:2024-10-23 作者:千家信息网编辑
千家信息网最后更新 2024年10月23日,今天小编给大家分享一下R语言的enrichGO_pip.r如何使用的相关知识点,内容详细,逻辑清晰,相信大部分人都还太了解这方面的知识,所以分享这篇文章给大家参考一下,希望大家阅读完这篇文章后有所收获
千家信息网最后更新 2024年10月23日R语言的enrichGO_pip.r如何使用
今天小编给大家分享一下R语言的enrichGO_pip.r如何使用的相关知识点,内容详细,逻辑清晰,相信大部分人都还太了解这方面的知识,所以分享这篇文章给大家参考一下,希望大家阅读完这篇文章后有所收获,下面我们一起来了解一下吧。
enrichGO_pip.R GO富集分析
使用说明
Rscript $scriptdir/enrichGO_pip.r -husage: /work/my_stad_immu/scripts/enrichGO_pip.r [-h] -g gene.list [-d ann.db] [-t idtype] [-s show.type] [-p pvalueCutoff] [-q qvalueCutoff] [-c showCategory] [-n prefix] [-o outdir] [-H height] [-W width]GO enrich analysis:optional arguments: -h, --help show this help message and exit -g gene.list, --gene.list gene.list diff expressed gene list file, required -d ann.db, --ann.db ann.db org.Hs.eg.db or org.Mm.eg.db ,for more info visit: https://www..com/article/1244 [optional, default: org.Hs.eg.db ] -t idtype, --idtype idtype deg gene id type: ENSEMBL SYMBOL ENTREZID GENENAME [optional, default: SYMBOL ] -s show.type, --show.type show.type set example ID type name [optional, default: ENTREZID ] -p pvalueCutoff, --pvalueCutoff pvalueCutoff pvalue cutoff on enrichment tests to report, [optional, default: 0.05 ] -q qvalueCutoff, --qvalueCutoff qvalueCutoff qvalue cutoff on enrichment tests to report as significant. Tests must pass i) pvalueCutoff on unadjusted pvalues, ii) pvalueCutoff on adjusted pvalues and iii) qvalueCutoff on qvalues to be reported., [optional, default: 0.2 ] -c showCategory, --showCategory showCategory how many GO Category to show, [optional, default: 10 ] -n prefix, --prefix prefix the output file prefix [optional, default: enrichGO ] -o outdir, --outdir outdir output file directory [default cwd] -H height, --height height the height of pic inches [default 10] -W width, --width width the width of pic inches [default 10]
参数说明:
-g 输入基因列表文件: 脚本会读取第一列基因ID作为基因集:
-d 物种注释数据库: 人的:org.Hs.eg.db
-t 指定输入基因列表的ID类型
使用举例:
Rscript $scriptdir/enrichGO_pip.r --gene.list $workdir/04.deg/S1_vs_S2.DEG.final.tsv \ -o GO -n S1_vs_S2 --pvalueCutoff 0.5 --ann.db org.Hs.eg.db \ --idtype SYMBOL
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