REDIportal数据库有什么用

这篇文章给大家分享的是有关REDIportal数据库有什么用的内容。小编觉得挺实用的，因此分享给大家做个参考，一起跟随小编过来看看吧。

REDIportal数据库收录了人类A-to-I类型的RNA编辑位点信息，共有4百多万个位点，称得上是最大的RNA编辑位点数据库，该数据库完全免费开放，网址如下

http://srv00.recas.ba.infn.it/atlas/index.html

这些RNA编辑位点来源于不同部位，不同组织类型的样本，各个组织类型的样本示意如下

从2018年8月开始，该数据库也开始收录来自其他物种的RNA编辑位点信息。通过官网的搜索功能，可以方便的检索数据库，搜索页面如下

目前只支持hg19的检索，可以根据染色体位置和基因名称进行检索。

通过location根据RNA编辑位点所在的重复序列信息限定结果，包括Alu, REP, NOREP3种。

Genic Regoin根据所在基因组区域限定结果，包括5'UTR, 3'UTR, Exonic, Intronic, Intergenic5种区域。

AA change根据RNA编辑位点是否造成氨基酸的改变对结果进行限定，包括synonymous, Nonsynonymous, Stop Loss,Unknown4种；Tissue和Body Site分别根据组织类型和取样部位对结果进行限定。

检索结果示意如下

和其他数据库类似，提供了RNA编辑位点的染色体信息，重复序列注释，基因注释等信息, 除了这些基本信息外，还提供了和其他数据库的link, 第一列的U代表UCSC基因组浏览器，dbSNP代表NCBI SNP数据库，如果在位点有对应的SNP信息，用绿色表示，如果没有则用红色表示，KnownIn代表其他RNA编辑位点数据库的链接，R代表RADAR, A代表DARNED。

点击每个RNA编辑位点第一列的蓝色箭头，可以查看详细的信息，示意如下

对于多个组织中同时检测到的RNA编辑位点，提供了heatmap和boxplot两种可视化方式，以便探究其组织特异性，上图中为heatmap的展现形式，boxplot的展现形式示意如下

点击右上角的菜单可以导出对应的图片。Alternative Annotations提供了Refseq和UCSC两种基因注释信息，示意如下

Editing Details可以查看该RNA编辑位点对应的样本数，组织类型等信息，示意如下

点击下方的蓝色按钮，可以看到具体的数据集，示意如下

相比RADAR和DAREND数据库，REDIportal数据库不仅收录的数量跟多，而且提供的注释信息也更加的详尽。

感谢各位的阅读！关于"REDIportal数据库有什么用"这篇文章就分享到这里了，希望以上内容可以对大家有一定的帮助，让大家可以学到更多知识，如果觉得文章不错，可以把它分享出去让更多的人看到吧！