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怎么用docker工具eggnog进行注释

发表于:2024-11-28 作者:千家信息网编辑
千家信息网最后更新 2024年11月28日,这篇文章主要讲解了"怎么用docker工具eggnog进行注释",文中的讲解内容简单清晰,易于学习与理解,下面请大家跟着小编的思路慢慢深入,一起来研究和学习"怎么用docker工具eggnog进行注释
千家信息网最后更新 2024年11月28日怎么用docker工具eggnog进行注释

这篇文章主要讲解了"怎么用docker工具eggnog进行注释",文中的讲解内容简单清晰,易于学习与理解,下面请大家跟着小编的思路慢慢深入,一起来研究和学习"怎么用docker工具eggnog进行注释"吧!

利用docker工具eggnog进行注释,以拟南芥为例:

#非模式物种GO KEGG注释与富集分析#eggnog 数据库下载之后解压,放到一个目录中#启动镜像#docker run --rm --cpus 8 -m 16G -it -v /share/nas1/huangls/test/eggnog:/work -v /share/work/database/eggNOG/emapperdb-5.0.2/:/database  /eggnog:latest#一个基因提取一个pep代表序列#python scripts/get_gene_fa.py --gff Arabidopsis_thaliana.TAIR10.31.gff3 \#  -f Arabidopsis_thaliana.TAIR10.31.pep.all.fa  -p pep#蛋白序列批量注释emapper.py -i pep.fa -o pep -m diamond --cpu 8 --seed_ortholog_evalue 1e-5 --override\  --dmnd_db /database/eggnog_proteins.dmnd --data_dir /database/

-m指定diamond方法,默认为hmmer方法。diamond在多于千条序列时才会体现速度优势,少量序列会感觉非常慢,而且结果也没有hmmer的更准确,尤其是对远源注释方面。

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