MCscan如何做基因组共线性分析
发表于:2024-09-25 作者:千家信息网编辑
千家信息网最后更新 2024年09月25日,这篇文章主要介绍MCscan如何做基因组共线性分析,文中介绍的非常详细,具有一定的参考价值,感兴趣的小伙伴们一定要看完!多基因组基因水平共线性分析在 多基因间共线性及局部基因水平的共线性 和 基因组间
千家信息网最后更新 2024年09月25日MCscan如何做基因组共线性分析
这篇文章主要介绍MCscan如何做基因组共线性分析,文中介绍的非常详细,具有一定的参考价值,感兴趣的小伙伴们一定要看完!
多基因组基因水平共线性分析
在 多基因间共线性及局部基因水平的共线性 和 基因组间共线性分析 里讲了MCscan如何做基因组共线性分析,这里再说说多基因组基因水平的共线性分析。
方法是两两基因组做共线性分析。还是以桃子,葡萄和可可为例,方法如下:
$ python -m jcvi.compara.synteny mcscan grape.bed grape.peach.lifted.anchors --iter=1 -o grape.peach.i1.blocks$ python -m jcvi.compara.synteny mcscan grape.bed grape.cacao.lifted.anchors --iter=1 -o grape.cacao.i1.blocks$ python -m jcvi.formats.base join grape.peach.i1.blocks grape.cacao.i1.blocks --noheader | cut -f1,2,4,6 > grape.blocks
筛选关注的区域进行展示,这里展示前50列:
$ head -50 grape.blocks > blocks2
blocks2文件格式如下:
GSVIVT01012261001 . .GSVIVT01012259001 ppa005716m .GSVIVT01012258001 . .GSVIVT01012257001 ppa002846m .GSVIVT01012255001 ppa000919m Thecc1EG011472t1GSVIVT01012253001 ppa010733m Thecc1EG011473t1GSVIVT01012252001 ppa015194m Thecc1EG011474t1
配置文件如下:
# x, y, rotation, ha, va, color, ratio, label0.5, 0.6, 0, center, top, , 1, grape Chr10.3, 0.4, 0, center, bottom, , .5, peach scaffold_10.7, 0.4, 0, center, bottom, , .5, cacao scaffold_2# edgese, 0, 1e, 0, 2
运行画图:
$ cat grape.bed peach.bed cacao.bed > grape_peach_cacao.bed $ python -m jcvi.graphics.synteny blocks2 grape_peach_cacao.bed blocks2.layout
以上是"MCscan如何做基因组共线性分析"这篇文章的所有内容,感谢各位的阅读!希望分享的内容对大家有帮助,更多相关知识,欢迎关注行业资讯频道!
基因
线性
基因组
分析
水平
内容
文件
方法
篇文章
价值
兴趣
区域
可可
小伙
小伙伴
局部
更多
格式
桃子
知识
数据库的安全要保护哪些东西
数据库安全各自的含义是什么
生产安全数据库录入
数据库的安全性及管理
数据库安全策略包含哪些
海淀数据库安全审计系统
建立农村房屋安全信息数据库
易用的数据库客户端支持安全管理
连接数据库失败ssl安全错误
数据库的锁怎样保障安全
ss 代理服务器
一个数据库的设计与实现实验报告
苏州灵天网络技术有限公司
win7 远程服务器管理
大学生网络安全的重要性论文
医院网络安全分析
网络技术设备选型
数据库中位集是什么
用控制面板进入数据库
网络安全效果及评价
信丰软件开发
如何开展学校的网络安全
用友软件数据库视频教程
河北软件开发者网站有哪些
网络安全溯源治理
怎么同时做多台服务器初始化
查看达梦数据库模式占用大小
嘉里物流软件开发招标
华为产品网络安全承诺书
it服务器室风口百叶装哪
买断服务器
云服务器内存不足
上海软件开发经理
医院网络安全分析
网络安全高级职称
ipad内置web服务器
vs odbc连接数据库
金银天下网络技术有限公司
公共信息网络安全监察员
福州 软件开发