怎么从GTF中提取lncRNA的编号和名称

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从GTF文件中提取lncRNA对应的ID和名称

从TCGA数据中提取lncRNA的表达量时，需要知道lncRNA的编号和对应的名称。这些信息可以从GTF文件中提取。
提取的话，可以采用如下的代码实现。

#!/usr/bin/perl -wuse strict;my $biotype_file = shift @ARGV;my $gtf = shift @ARGV;my $biotype = shift @ARGV;my %biotype_list;open my $fh2, $biotype_file or die;while (<$fh2>) {    chomp;    my @array = split /\t/, $_;    if($array[2]eq $biotype){        $biotype_list{$array[0]} = 1;    }}close $fh2;open my $out, ">${biotype}_info.txt" or die;print $out "Gene_id\tGene_id_info\tgene_name\tbiotype\n";open my $fh3, $gtf or die;while (<$fh3>) {    chomp;    next if /^#/;    my @array = split /\t/, $_;    next unless ($array[2] eq "gene");    $array[8] =~ /gene_id\s+"(\S+?)";.*gene_type\s+"(\S+?)";.*gene_name\s+"(\S+?)";/;    my $geneid = $1;    my $genebiotype = $2;    my $genename = $3;    my $gene_id_norm=(split("\\.",$geneid))[0];    if ($biotype_list{$genebiotype}) {        print $out "$gene_id_norm\t$geneid\t$genename\t$genebiotype\n";    }}close $fh3;

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