WGCNA如何剔除异常样本
发表于:2024-09-30 作者:千家信息网编辑
千家信息网最后更新 2024年09月30日,小编给大家分享一下WGCNA如何剔除异常样本,相信大部分人都还不怎么了解,因此分享这篇文章给大家参考一下,希望大家阅读完这篇文章后大有收获,下面让我们一起去了解一下吧!WGCNA剔除异常样本做WGCN
千家信息网最后更新 2024年09月30日WGCNA如何剔除异常样本
小编给大家分享一下WGCNA如何剔除异常样本,相信大部分人都还不怎么了解,因此分享这篇文章给大家参考一下,希望大家阅读完这篇文章后大有收获,下面让我们一起去了解一下吧!
WGCNA剔除异常样本
做WGCNA分析,需要对基因和样本进行一定的筛选。一般来说,会采用如下的筛选方案:
1. 筛选掉基因表达丰低, 在各个样本中变化不大的基因
2. 筛选掉异常的样本
基因的筛选,比较好处理。但是异常样本比较难办,可以参考WGCNA的一份代码,参考如下的代码:
# 计算相似性矩阵A=adjacency(t(datExpr),type="signed")# 计算网络的连接度k=as.numeric(apply(A,2,sum))-1# 连接度标准化Z.k=scale(k)# 设置连接度筛选阀值, 这部分是关键,筛选掉异常的样本thresholdZ.k=-2.5# 将异常样本进行标注outlierColor=ifelse(Z.k以上是"WGCNA如何剔除异常样本"这篇文章的所有内容,感谢各位的阅读!相信大家都有了一定的了解,希望分享的内容对大家有所帮助,如果还想学习更多知识,欢迎关注行业资讯频道!
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