生物信息学应用软件开发包Scikit-bio怎么用
发表于:2024-09-22 作者:千家信息网编辑
千家信息网最后更新 2024年09月22日,本篇文章为大家展示了生物信息学应用软件开发包Scikit-bio怎么用,内容简明扼要并且容易理解,绝对能使你眼前一亮,通过这篇文章的详细介绍希望你能有所收获。Scikit-bio(官方发音:sigh-
千家信息网最后更新 2024年09月22日生物信息学应用软件开发包Scikit-bio怎么用
本篇文章为大家展示了生物信息学应用软件开发包Scikit-bio怎么用,内容简明扼要并且容易理解,绝对能使你眼前一亮,通过这篇文章的详细介绍希望你能有所收获。
Scikit-bio(官方发音:sigh-kit-buy-oh) 是一个专门用于处理基因组数据的Python 开源程序包。这名字的来源估计是受Python的机器学习包:Scikit-learn的影响。从功能和风格上看应该算是SeqIO的Python版,对于热爱Python,同时越来越受不了C++各种虐待的生信程序猿(比如说我)来说,Scikit-bio会是一个相当不错的选择!
这个包由biocore成员主导开发,所有代码都公开托管在github上,所有人都可以使用并参与开发。它提供了一整套与序列处理相关的API-把很多底层的操作都包装了起来,包括为各个不同的基因组数据(如DNA,RNA,蛋白质等)定义了一套完整的数据结构、相关序列比对算法、系统发生树构建算法、数据可视化接口函数、统计学方法、辅助复杂流程搭建的方法,甚至还提供了一些生物信息学相关的教程资源等,这可以为很多下游应用型的生物信息软件的开发带来很多的便利。
这个项目开始于2014年,现在虽然还处在alpha版本阶段(当前发布的最新版本是0.2.3),但是最近开发的活跃度越来越高。它的文档库也越来越丰富了,还是值得期待的。不过目前我也还没有正式地和SeqIO对比过,所以对其在实际应用中的性能来说也还没有太多的把握。
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